More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0433 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 274 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  76.64 
 
 		 274 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  41.09 
 
 		 277 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  36.16 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.05 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 269 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 221 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.65 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  30.53 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 274 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  27.57 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.03 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 287 aa  72  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 269 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 271 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  30.05 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 255 aa  70.1  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 282 aa  69.3  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.26 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25.48 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0514  transcriptional regulator, AraC family  71.74 
 
 		 48 aa  67  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 280 aa  67  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0030  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.6 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  22.49 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 273 aa  63.5  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.16 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 327 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 275 aa  62  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 286 aa  62  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.01 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.05 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.63 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  22.12 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 285 aa  60.1  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.83 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4510  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 292 aa  58.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 228 aa  57  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 271 aa  57  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  24.89 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 311 aa  55.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.81 
 
 		 249 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0651  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 290 aa  53.9  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 366 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 278 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 276 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 276 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  21.2 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 262 aa  52.4  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2581  Helix-turn-helix, AraC domain protein  36.62 
 
 		 300 aa  52.4  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.012517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  32.04 
 
 		 356 aa  52.4  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.18 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>