More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0396 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0396  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 
330 aa  667    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0477  hypothetical protein  96.34 
 
 
332 aa  608  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003317  membrane-fusion protein  62.15 
 
 
326 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1212  hypothetical protein  64.19 
 
 
324 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000214097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1840  hypothetical protein  56.75 
 
 
332 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.137202  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02435  hypothetical protein  62.46 
 
 
326 aa  342  4e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0618  putative secretion protein, HlyD family  58.6 
 
 
326 aa  332  5e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3729  secretion protein HlyD family protein  53.55 
 
 
329 aa  325  7e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4089  HlyD family secretion protein  53.11 
 
 
324 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0506  secretion protein HlyD family protein  53.42 
 
 
324 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3639  secretion protein HlyD family protein  53.42 
 
 
324 aa  322  5e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0412  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
323 aa  322  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.604128  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
324 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0531  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
324 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3463  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
324 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0488  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
324 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0583  secretion protein HlyD family protein  53.11 
 
 
324 aa  319  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3813  secretion protein HlyD family protein  52.8 
 
 
324 aa  318  7e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0478  HlyD family secretion protein  54.17 
 
 
322 aa  309  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.161841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3745  secretion protein HlyD family protein  52.92 
 
 
323 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4393  secretion protein HlyD family protein  54.24 
 
 
323 aa  297  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0150137  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0567  secretion protein HlyD family protein  51.77 
 
 
323 aa  292  5e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.142155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4571  secretion protein HlyD family protein  48.29 
 
 
349 aa  252  5.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707913  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1026  secretion protein HlyD family protein  40.74 
 
 
326 aa  250  3e-65  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0093  HlyD family secretion protein  44.65 
 
 
331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0320304 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  40.9 
 
 
427 aa  238  9e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0604  secretion protein HlyD family protein  41.67 
 
 
326 aa  215  8e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0653  secretion protein HlyD family protein  37.87 
 
 
357 aa  211  1e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1173  secretion protein HlyD family protein  39.93 
 
 
337 aa  188  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.628109 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4808  secretion protein HlyD family protein  35.86 
 
 
330 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1189  secretion protein HlyD  37.33 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2777  secretion protein HlyD family protein  36.99 
 
 
323 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.991626  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2682  secretion protein HlyD family protein  36.3 
 
 
323 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.430212  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2703  secretion protein HlyD family protein  32.59 
 
 
367 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  31.65 
 
 
323 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  31.65 
 
 
323 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  30.91 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1925  secretion protein HlyD family protein  30.22 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0178624 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  27.76 
 
 
353 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2701  secretion protein HlyD family protein  27.86 
 
 
333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2328  secretion protein HlyD  25.33 
 
 
398 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  27.38 
 
 
334 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  27.68 
 
 
335 aa  99.8  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  27.84 
 
 
335 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  27.44 
 
 
357 aa  90.5  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  24.83 
 
 
329 aa  90.1  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  26.47 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  29.07 
 
 
333 aa  87.4  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  25.08 
 
 
328 aa  86.7  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  29.07 
 
 
333 aa  86.3  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2942  hypothetical protein  26.01 
 
 
342 aa  86.3  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.495568  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  28.67 
 
 
378 aa  86.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  26.69 
 
 
326 aa  85.1  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  26.12 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2839  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 
377 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  24.41 
 
 
344 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  27.97 
 
 
354 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1480  secretion protein HlyD family protein  23.46 
 
 
349 aa  80.1  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.785095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1902  secretion protein HlyD  24.71 
 
 
395 aa  79  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0432629  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3107  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 
355 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.128244  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  24.92 
 
 
329 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  27.52 
 
 
365 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69090  hypothetical protein  24.92 
 
 
357 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5975  hypothetical protein  25.08 
 
 
382 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1521  hypothetical protein  25.51 
 
 
342 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6207  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 
357 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.19774 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4577  secretion protein HlyD  24.28 
 
 
354 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.231546  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5882  secretion protein HlyD family protein  26.64 
 
 
357 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  26.44 
 
 
381 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  24.67 
 
 
331 aa  75.5  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  26.95 
 
 
377 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  24.92 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  25.76 
 
 
354 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0317  secretion protein HlyD family protein  25.81 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  23.94 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001244  multidrug resistance efflux pump  30.21 
 
 
376 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1794  secretion protein HlyD family protein  28.72 
 
 
350 aa  72.8  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  23.53 
 
 
355 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  24.19 
 
 
354 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  27 
 
 
344 aa  72  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  26.32 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1949  secretion protein HlyD family protein  25.36 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.262528  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  23.13 
 
 
373 aa  70.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1498  secretion protein HlyD family protein  29.39 
 
 
356 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2360  secretion protein HlyD family protein  29.39 
 
 
356 aa  70.5  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.451322  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  23.01 
 
 
368 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3445  secretion protein HlyD family protein  24.41 
 
 
359 aa  69.7  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.858033 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1147  secretion protein HlyD family protein  23.32 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000143256  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1013  secretion protein HlyD  23.27 
 
 
394 aa  69.7  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  23.47 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1382  secretion protein HlyD family protein  25.51 
 
 
340 aa  69.3  0.00000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.396008  hitchhiker  0.000481704 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  28.67 
 
 
376 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2511  hypothetical protein  24.92 
 
 
334 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.607384  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  24.1 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  28.67 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  23.17 
 
 
347 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0439  Type I antifreeze protein:HlyD family secretion protein  27.08 
 
 
357 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1503  secretion protein HlyD family protein  22.56 
 
 
357 aa  68.2  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996003  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>