More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0279 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0286  D-arabinose 5-phosphate isomerase  91.74 
 
 
345 aa  669  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0195424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0279  D-arabinose 5-phosphate isomerase  100 
 
 
363 aa  739  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.954706  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3810  D-arabinose 5-phosphate isomerase  87.04 
 
 
328 aa  576  1e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.109519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3652  D-arabinose 5-phosphate isomerase  83.02 
 
 
328 aa  552  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1148  D-arabinose 5-phosphate isomerase  80.37 
 
 
342 aa  549  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0510  D-arabinose 5-phosphate isomerase  80.37 
 
 
357 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0446  D-arabinose 5-phosphate isomerase  80.37 
 
 
328 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4362  D-arabinose 5-phosphate isomerase  81.48 
 
 
328 aa  543  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.315495  normal  0.179965 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3573  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3674  D-arabinose 5-phosphate isomerase  79.26 
 
 
328 aa  524  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.835894  normal  0.0549633 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03013  hypothetical protein  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00296594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0503  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.183909 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3493  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4519  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.09 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.498324  normal  0.41247 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3507  D-arabinose 5-phosphate isomerase  79.26 
 
 
328 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3390  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.997652  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3612  D-arabinose 5-phosphate isomerase  79.26 
 
 
328 aa  524  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.164557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3576  D-arabinose 5-phosphate isomerase  79.26 
 
 
328 aa  524  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3633  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.7 
 
 
328 aa  527  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.143875 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0510  KpsF/GutQ family protein  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3685  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03062  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.4 
 
 
328 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00212199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3505  D-arabinose 5-phosphate isomerase  78.95 
 
 
328 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03660  hypothetical protein  64.26 
 
 
323 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2104  hypothetical protein  64.31 
 
 
326 aa  418  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002407  arabinose 5-phosphate isomerase  63.32 
 
 
323 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.585942  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0503  arabinose 5-phosphate isomerase  61.88 
 
 
324 aa  407  1e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576158  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0678  KpsF/GutQ family protein  59.25 
 
 
325 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.732488  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0731  arabinose-5-phosphate isomerase  58.62 
 
 
325 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.338058 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0677  KpsF/GutQ family protein  58.93 
 
 
325 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.953587  normal  0.0677039 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3611  KpsF/GutQ family protein  59.56 
 
 
325 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3344  KpsF/GutQ family protein  58.62 
 
 
325 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3083  arabinose-5-phosphate isomerase  61.13 
 
 
325 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.353966 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3956  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  59.56 
 
 
325 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0720  KpsF/GutQ family protein  58.93 
 
 
325 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4235  KpsF/GutQ family protein  58.62 
 
 
325 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000366362 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3663  KpsF/GutQ family protein  58.31 
 
 
325 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000627199  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0691  KpsF/GutQ family protein  58.31 
 
 
325 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.983087  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0721  KpsF/GutQ family protein  58.31 
 
 
325 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0494  KpsF/GutQ family protein  58.93 
 
 
325 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0102894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0712  KpsF/GutQ family protein  58.31 
 
 
325 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0114298 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4538  KpsF/GutQ family protein  57.68 
 
 
321 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2710  KpsF/GutQ family protein  58.93 
 
 
329 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3306  KpsF/GutQ family protein  58.62 
 
 
325 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.57065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0563  KpsF/GutQ family protein  56.74 
 
 
323 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.57393  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0875  KpsF/GutQ family protein  57.05 
 
 
324 aa  371  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3372  KpsF/GutQ family protein  57.68 
 
 
325 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.600625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0862  KpsF/GutQ  57.68 
 
 
324 aa  371  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0964  KpsF/GutQ family protein  56.43 
 
 
324 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03188  arabinose 5-phosphate isomerase  55.62 
 
 
326 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.655458  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12840  Arabinose 5-phosphate isomerase protein  56.57 
 
 
344 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2225  KpsF/GutQ family protein  56.76 
 
 
341 aa  365  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.574714  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1202  arabinose-5-phosphate isomerase  56.6 
 
 
324 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0763  arabinose-5-phosphate isomerase  56.43 
 
 
324 aa  365  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2121  KpsF/GutQ family protein  57.32 
 
 
339 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0957  KpsF/GutQ family protein  55.8 
 
 
324 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0902  hypothetical protein  53.92 
 
 
320 aa  365  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0365  KpsF/GutQ family protein  58.71 
 
 
325 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.623237  normal  0.274757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4258  KpsF/GutQ family protein  56.11 
 
 
324 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0871  hypothetical protein  53.92 
 
 
320 aa  365  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0996  KpsF/GutQ family protein  55.49 
 
 
324 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4142  KpsF/GutQ  56.43 
 
 
324 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0959  KpsF/GutQ family protein  57.46 
 
 
333 aa  361  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.444411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57890  hypothetical protein  56.07 
 
 
326 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5030  hypothetical protein  55.45 
 
 
324 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4448  sugar isomerase, KpsF/GutQ  56.11 
 
 
324 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2221  KpsF/GutQ family protein  53.27 
 
 
326 aa  359  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3174  arabinose-5-phosphate isomerase  54.69 
 
 
323 aa  357  2e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2788  sugar phosphate isomerase  57.94 
 
 
330 aa  356  3e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000495576  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0746  sugar isomerase, KpsF/GutQ  56.27 
 
 
330 aa  355  6e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.269497  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02232  arabinose 5-phosphate isomerase  55.28 
 
 
333 aa  354  1e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0675  KpsF/GutQ family protein  54.6 
 
 
345 aa  353  2e-96  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0761  arabinose-5-phosphate isomerase  54.6 
 
 
345 aa  353  3e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0756  KpsF/GutQ family protein  55.91 
 
 
323 aa  342  6e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0731  Arabinose-5-phosphate isomerase  55.52 
 
 
325 aa  340  3e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6051  KpsF/GutQ family protein  54.95 
 
 
333 aa  334  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0137  KpsF/GutQ family protein  56.96 
 
 
335 aa  332  9e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0182  KpsF/GutQ family protein  53.56 
 
 
330 aa  326  3e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0538  capsule expression protein KpsF/GutQ  54.63 
 
 
328 aa  324  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2977  KpsF/GutQ family protein  52.05 
 
 
321 aa  323  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00368361  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1893  carbohydrate isomerase KpsF/GutQ family protein  51.74 
 
 
321 aa  324  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.573226  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2608  KpsF/GutQ family protein  51.89 
 
 
322 aa  323  2e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1602  KpsF/GutQ family protein  51.89 
 
 
322 aa  324  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4898  KpsF/GutQ family protein  52.11 
 
 
335 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.340772  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0154  KpsF/GutQ family protein  53.56 
 
 
333 aa  321  1e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1943  arabinose-5-phosphate isomerase  52.38 
 
 
320 aa  320  2e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0150417  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4237  KpsF/GutQ family protein  53.99 
 
 
333 aa  318  6e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0969  KpsF/GutQ family protein  51.1 
 
 
321 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0045257  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0822  KpsF/GutQ family protein  52.24 
 
 
332 aa  315  8e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1278  KpsF/GutQ  50.16 
 
 
321 aa  314  1e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  8.47451e-08 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4785  KpsF/GutQ family protein  54.29 
 
 
339 aa  314  2e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4108  KpsF/GutQ family protein  53.35 
 
 
330 aa  314  2e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal  0.0965302 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1492  KpsF/GutQ family protein  51.52 
 
 
330 aa  313  3e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.119105  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0295  KpsF/GutQ family protein  50.77 
 
 
327 aa  313  4e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0601  KpsF/GutQ family protein  52.08 
 
 
327 aa  312  5e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0442241 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1907  KpsF/GutQ family protein  48.8 
 
 
330 aa  312  5e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0922  sugar isomerase  51.52 
 
 
330 aa  312  6e-84  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6116  KpsF/GutQ family sugar isomerase  53.99 
 
 
327 aa  311  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4132  KpsF/GutQ family protein  52.62 
 
 
333 aa  310  3e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3490  KpsF/GutQ family protein  52.62 
 
 
333 aa  310  3e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>