147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0088 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0084  major facilitator superfamily transporter  95.49 
 
 		 400 aa  719    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0088  major facilitator superfamily transporter  100 
 
 		 399 aa  774    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4072  major facilitator superfamily transporter  77.75 
 
 		 405 aa  566  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3885  major facilitator superfamily transporter  74.37 
 
 		 402 aa  548  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03322  predicted transporter  71.07 
 
 		 405 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0242  major facilitator superfamily MFS_1  71.07 
 
 		 416 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03275  hypothetical protein  71.07 
 
 		 405 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3672  major facilitator superfamily transporter  71.07 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3955  major facilitator superfamily transporter  71.07 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0243  major facilitator superfamily transporter  71.32 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3849  major facilitator superfamily transporter  71.07 
 
 		 419 aa  538  9.999999999999999e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4793  major facilitator superfamily transporter  70.81 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3757  major facilitator superfamily transporter  70.35 
 
 		 416 aa  537  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3850  major facilitator superfamily transporter  69.8 
 
 		 405 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3783  major facilitator superfamily transporter  69.54 
 
 		 405 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3880  major facilitator superfamily transporter  68.67 
 
 		 409 aa  512  1e-144  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.201886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3953  major facilitator superfamily transporter  69.8 
 
 		 405 aa  513  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.515945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3893  major facilitator superfamily transporter  69.54 
 
 		 405 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3773  major facilitator superfamily transporter  69.8 
 
 		 405 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.955026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3711  major facilitator transporter  59.1 
 
 		 411 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38730  major facilitator superfamily transporter  51.79 
 
 		 402 aa  358  7e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3998  major facilitator superfamily transporter  52.69 
 
 		 395 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00916117 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0792  major facilitator superfamily transporter  53.48 
 
 		 403 aa  353  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.376906 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3887  major facilitator superfamily transporter  54.32 
 
 		 403 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4492  major facilitator superfamily transporter  52.54 
 
 		 400 aa  350  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1420  major facilitator superfamily transporter  52.28 
 
 		 400 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3201  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  344  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1407  major facilitator superfamily transporter  52.39 
 
 		 404 aa  343  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0145739  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2043  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.802734  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3216  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0335223  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0869  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0235133  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2703  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3162  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1907  major facilitator superfamily transporter  52.03 
 
 		 407 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.756225  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3923  major facilitator superfamily transporter  50.63 
 
 		 404 aa  341  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0710  major facilitator superfamily transporter  51.01 
 
 		 404 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0727  major facilitator superfamily transporter  51.01 
 
 		 404 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.606213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0347  major facilitator superfamily transporter  50.76 
 
 		 404 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148845  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0831  major facilitator superfamily transporter  50.76 
 
 		 404 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215644  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0803  major facilitator superfamily transporter  50.76 
 
 		 404 aa  339  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3302  major facilitator superfamily transporter  51.34 
 
 		 402 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2423  major facilitator superfamily transporter  55.49 
 
 		 403 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1819  transporter, putative  49.75 
 
 		 399 aa  333  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.967109  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2553  major facilitator superfamily transporter  53.59 
 
 		 404 aa  329  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3578  major facilitator superfamily transporter  50.64 
 
 		 399 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0428659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3781  major facilitator superfamily transporter  51.92 
 
 		 395 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2764  transporter, putative  45.11 
 
 		 410 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0479681  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2493  major facilitator superfamily transporter  45.18 
 
 		 407 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1495  major facilitator superfamily transporter  52.43 
 
 		 399 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.490608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28990  Major facilitator superfamily transporter, MFS_1  48.02 
 
 		 409 aa  316  4e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4141  major facilitator superfamily transporter  46.11 
 
 		 408 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00457527  normal  0.517797 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2608  major facilitator superfamily transporter  46.77 
 
 		 395 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.183302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2837  major facilitator superfamily transporter  44.9 
 
 		 397 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171853 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2019  major facilitator superfamily transporter  42.82 
 
 		 416 aa  288  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2756  major facilitator superfamily transporter  45.41 
 
 		 397 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2935  major facilitator superfamily transporter  45.41 
 
 		 397 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.372552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2751  major facilitator superfamily transporter  46.3 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2616  hypothetical protein  41.4 
 
 		 392 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2964  major facilitator superfamily MFS_1  39.66 
 
 		 410 aa  246  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000419603  hitchhiker  0.00000212995 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1718  major facilitator superfamily transporter  38.48 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2602  hypothetical protein  41.13 
 
 		 392 aa  240  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.273192 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2514  hypothetical protein  41.13 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2561  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2614  hypothetical protein  41.13 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00313343 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1334  major facilitator superfamily MFS_1  40.86 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2473  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1330  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.20297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2699  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1513  major facilitator transporter  39.9 
 
 		 390 aa  234  3e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.592382 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02247  predicted transporter  40.86 
 
 		 392 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02207  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3462  hypothetical protein  40.86 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2478  hypothetical protein  40.59 
 
 		 392 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0089  hypothetical protein  35.73 
 
 		 410 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4710  major facilitator superfamily transporter  37.5 
 
 		 388 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.019834  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6796  hypothetical protein  35.62 
 
 		 398 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356439 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2209  major facilitator superfamily transporter  35.57 
 
 		 393 aa  193  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0531  major facilitator superfamily transporter  35.34 
 
 		 388 aa  186  5e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0539  major facilitator superfamily MFS_1  28.25 
 
 		 413 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5204  major facilitator transporter  29.53 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4799  major facilitator transporter  36.11 
 
 		 182 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4796  major facilitator transporter  37.57 
 
 		 225 aa  89  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6224  major facilitator superfamily MFS_1  27.96 
 
 		 383 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.806406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0603  major facilitator superfamily MFS_1  27.2 
 
 		 391 aa  86.3  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000645746  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3789  major facilitator superfamily MFS_1  24.67 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.206252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1408  major facilitator superfamily MFS_1  27.25 
 
 		 401 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0841  major facilitator family transporter  23.87 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00299381  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4495  major facilitator family transporter  23.87 
 
 		 400 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000363259  decreased coverage  0.0000000000000205787 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3315  major facilitator family transporter  24.06 
 
 		 399 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0787  major facilitator family transporter  24.73 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000257301  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0749  major facilitator family transporter  24.73 
 
 		 505 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000682732  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3012  major facilitator family transporter  24.42 
 
 		 399 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.372037 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0881  major facilitator family transporter  24.53 
 
 		 400 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.19471e-35 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0697  quinolone resistence protein NorA  24.53 
 
 		 506 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000944811  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0879  major facilitator family transporter  23.67 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000268355  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0684  quinolone resistence protein  24.8 
 
 		 506 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00565548  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2313  major facilitator family transporter  23.9 
 
 		 381 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0698  major facilitator transporter  24.27 
 
 		 447 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3100  major facilitator family transporter  23.26 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.085117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0650  major facilitator transporter  23.59 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0139547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>