82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0074 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0074  endo-1,4-D-glucanase  100 
 
 
371 aa  757    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0071  endo-1,4-D-glucanase  88.95 
 
 
371 aa  687    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0150  endo-1,4-D-glucanase  70.81 
 
 
370 aa  544  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4896  endo-1,4-D-glucanase  61.04 
 
 
370 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03332  hypothetical protein  61.31 
 
 
368 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4019  endo-1,4-D-glucanase  61.2 
 
 
365 aa  461  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03379  endo-1,4-D-glucanase  61.31 
 
 
368 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3840  endo-1,4-D-glucanase  61.04 
 
 
370 aa  463  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.634821 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0186  endo-1,4-D-glucanase  61.04 
 
 
368 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3937  endo-1,4-D-glucanase  60.66 
 
 
365 aa  458  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0936967  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0182  Cellulase  61.04 
 
 
368 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0093  endo-1,4-D-glucanase  60.99 
 
 
371 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4070  endo-1,4-D-glucanase  60.99 
 
 
371 aa  456  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3933  endo-1,4-D-glucanase  60.81 
 
 
369 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3812  endo-1,4-D-glucanase  61.08 
 
 
369 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3825  endo-1,4-D-glucanase  60.81 
 
 
369 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3889  endo-1,4-D-glucanase  60.27 
 
 
369 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0151883  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3993  endo-1,4-D-glucanase  60.54 
 
 
369 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.985148  normal  0.495711 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3928  endo-1,4-D-glucanase  61.27 
 
 
360 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3195  endo-1,4-D-glucanase  53.01 
 
 
371 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.520349  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2637  endo-1,4-D-glucanase  53.56 
 
 
370 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.625991  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2138  endo-1,4-D-glucanase  53.56 
 
 
367 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2251  endo-1,4-D-glucanase  50.27 
 
 
387 aa  348  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1925  endo-1,4-D-glucanase  48.84 
 
 
414 aa  331  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.029857 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1380  endo-1,4-D-glucanase  48.58 
 
 
409 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0532451  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0898  endo-1,4-D-glucanase  48.58 
 
 
409 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000507081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1358  endo-1,4-D-glucanase  48.84 
 
 
409 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0962234  normal  0.162374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4526  endo-1,4-D-glucanase  48.55 
 
 
409 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00393653  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1292  endo-1,4-D-glucanase  48.17 
 
 
406 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0452609  normal  0.0578777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3526  endo-1,4-D-glucanase  46.99 
 
 
392 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1259  endo-1,4-D-glucanase  48.26 
 
 
406 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0277614  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0792  endo-1,4-D-glucanase  47.04 
 
 
493 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127237  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1589  endo-1,4-D-glucanase  44.44 
 
 
514 aa  299  7e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.390235  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0686  endo-1,4-D-glucanase  44.44 
 
 
437 aa  298  9e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2008  endo-1,4-D-glucanase  44.44 
 
 
508 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2145  endo-1,4-D-glucanase  44.44 
 
 
520 aa  296  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246354  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2231  endo-1,4-D-glucanase  45.04 
 
 
506 aa  296  4e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.161113  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0632  endo-1,4-D-glucanase  44.76 
 
 
506 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.585544  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5838  endo-1,4-D-glucanase  44.6 
 
 
393 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.35562 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3254  endo-1,4-D-glucanase  42.75 
 
 
410 aa  290  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2042  endo-1,4-D-glucanase  43.65 
 
 
393 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0361945  normal  0.401714 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2071  endo-1,4-D-glucanase  44.41 
 
 
379 aa  287  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000124631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1029  endoglucanase  43.48 
 
 
403 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2378  endo-1,4-D-glucanase  38.61 
 
 
388 aa  237  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0570  endo-1,4-D-glucanase  38.75 
 
 
376 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0273  cellulase  31.29 
 
 
384 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1167  cellulase  34.04 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.314141  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3891  Cellulase  36.44 
 
 
332 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.288537  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4079  Cellulase  33.06 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0105  cellulase  30.63 
 
 
393 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.535219  normal  0.625739 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4797  cellulase  32.25 
 
 
367 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  0.208426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4803  Cellulase  29.85 
 
 
385 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3739  glycoside hydrolase family 8  29.62 
 
 
468 aa  106  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.643594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3936  cellulase  32.02 
 
 
330 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1314  Cellulase  30.71 
 
 
421 aa  103  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.67253  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1569  Cellulase  30.71 
 
 
429 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.153059  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1369  cellulase  30.71 
 
 
419 aa  102  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.140068  normal  0.0392414 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5210  cellulase  31.01 
 
 
344 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.558539  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05060  endoglucanase  34.65 
 
 
337 aa  97.4  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0713497  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1295  Cellulase  31.1 
 
 
348 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421291  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00789  endoglucanase Y  30.83 
 
 
366 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0964  cellulase  31.49 
 
 
356 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1976  cellulase  31.49 
 
 
356 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.65444  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0331  hypothetical protein  31.49 
 
 
612 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.378113  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1206  Cellulase  29.08 
 
 
347 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.364245  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0993  cellulase  32.14 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.710198  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4175  hypothetical protein  30.58 
 
 
362 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1778  glycosyl transferase family protein  35.68 
 
 
1129 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.073121 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0339  endoglucanase Y-like  37.14 
 
 
398 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0387741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2031  glycosyl transferase family protein  31.51 
 
 
1140 aa  73.2  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.550572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1847  glycosyl transferase family 2  30.04 
 
 
1140 aa  69.3  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1932  glycosyl transferase family 2  30.67 
 
 
1140 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273416  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0227  glycoside hydrolase family 8  32.04 
 
 
390 aa  68.2  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4861  glycoside hydrolase family protein  32.31 
 
 
376 aa  62  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.181594  normal  0.0880235 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0231  glycoside hydrolase family 8  26.6 
 
 
429 aa  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0269  glycoside hydrolase family protein  22.19 
 
 
477 aa  50.1  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.275199  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1022  licheninase  24.91 
 
 
465 aa  50.1  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1298  glycoside hydrolase family 8  26.9 
 
 
477 aa  49.3  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000471564  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0730  glycoside hydrolase family 8  25.47 
 
 
460 aa  49.3  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.59724  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0082  endoglucanase Y  24.93 
 
 
372 aa  47.4  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000532728  normal  0.916342 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4315  glycoside hydrolase family protein  30.97 
 
 
445 aa  46.2  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1561  glycoside hydrolase family protein  23.31 
 
 
379 aa  44.7  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>