125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0060 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0060  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 304 aa  630  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0066  transcriptional regulator, GntR family  97.04 
 
 		 304 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4949  GntR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 304 aa  568  1e-161  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3698  GntR family transcriptional regulator  88.7 
 
 		 304 aa  567  1e-161  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0549783 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4902  GntR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 304 aa  568  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.426963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5870  transcriptional regulator, GntR family  89.04 
 
 		 304 aa  568  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3640  transcriptional regulator, GntR family  88.7 
 
 		 304 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4588  GntR family transcriptional regulator  88.37 
 
 		 304 aa  564  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1408  GntR family transcriptional regulator  70 
 
 		 301 aa  441  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0491  transcriptional regulator, GntR family  33.56 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0328606  normal  0.0298218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3224  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0172  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.75763  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0161  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2161  GntR domain-containing protein  33 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1607  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170501  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0156  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.110293  normal  0.0240706 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0261  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0285  GntR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3171  regulatory protein GntR, HTH  31.55 
 
 		 292 aa  92.8  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22960  transcriptional regulator  26.29 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.483405  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  28.11 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 231 aa  57  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  31.66 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  27.17 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  26.15 
 
 		 262 aa  53.5  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 214 aa  53.5  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 		 266 aa  53.1  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 236 aa  52.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 235 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 341 aa  52  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 222 aa  51.6  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3643  transcriptional regulator, GntR family  27.66 
 
 		 239 aa  50.8  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.352701  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  23.93 
 
 		 233 aa  50.4  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 214 aa  50.1  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 214 aa  49.7  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 260 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  23.42 
 
 		 224 aa  48.9  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  26.84 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 252 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 219 aa  47.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 221 aa  47.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  29.35 
 
 		 205 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  25.6 
 
 		 254 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 223 aa  47  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 229 aa  46.6  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  23.58 
 
 		 220 aa  46.6  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 226 aa  46.6  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  21.77 
 
 		 297 aa  46.2  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 223 aa  46.2  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 396 aa  45.8  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 211 aa  45.8  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 223 aa  45.4  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 216 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  24.8 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 252 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 222 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  25.93 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 218 aa  45.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2317  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 216 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0600206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 242 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  35.29 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5467  transcriptional regulator, GntR family  23.18 
 
 		 225 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.660908  normal  0.362752 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5197  transcriptional regulator, GntR family  23.39 
 
 		 219 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.477284  normal  0.133192 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  24.55 
 
 		 221 aa  44.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 213 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  24.53 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0853  regulatory protein GntR HTH  28.05 
 
 		 343 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0821092  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 219 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  27.44 
 
 		 228 aa  44.3  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 219 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 211 aa  43.9  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 223 aa  44.3  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  20.75 
 
 		 293 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  26.94 
 
 		 228 aa  43.9  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 211 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 223 aa  43.5  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 		 249 aa  43.5  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 211 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 250 aa  43.9  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 228 aa  43.5  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  43.75 
 
 		 229 aa  43.5  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>