50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0043 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2099  citrate carrier protein  77.3 
 
 
447 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.474742  normal  0.0186807 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0048  Citrate carrier protein  97.32 
 
 
447 aa  817    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.844506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0043  Citrate carrier protein  100 
 
 
447 aa  890    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3908  Citrate carrier protein  80.9 
 
 
446 aa  684    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4099  Citrate carrier protein  81.61 
 
 
483 aa  698    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.253806  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1297  Citrate carrier protein  65.63 
 
 
448 aa  544  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.877313  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0547  citrate cation symporter family protein  55.93 
 
 
448 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000864872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0578  citrate cation symporter family protein  55.93 
 
 
448 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0634  citrate cation symporter family  55.93 
 
 
448 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0616  citrate cation symporter family  55.7 
 
 
448 aa  504  1e-141  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0489  Na+/malate symporter  55.7 
 
 
448 aa  503  1e-141  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0491  Na+/malate symporter  55.7 
 
 
448 aa  502  1e-141  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0408466  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4723  citrate cation symporter family  55.7 
 
 
448 aa  504  1e-141  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.470535  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0492  citrate carrier protein  55.83 
 
 
448 aa  501  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0641  citrate cation symporter family protein  56.51 
 
 
442 aa  501  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0498  citrate carrier protein  53.81 
 
 
448 aa  494  9.999999999999999e-139  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1920  CCS family citrate carrier protein  50.57 
 
 
445 aa  444  1e-123  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.296247  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6958  citrate carrier protein  52.52 
 
 
440 aa  411  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.586219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5090  citrate carrier protein  39.77 
 
 
443 aa  316  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.59557  decreased coverage  0.00122276 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0792  Na+/citrate symporter protein  39.56 
 
 
465 aa  302  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.69813  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4998  citrate symporter citrate carrier protein  42.86 
 
 
448 aa  299  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.406874  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3730  citrate carrier protein  35.86 
 
 
451 aa  292  8e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5667  citrate carrier protein  37.86 
 
 
454 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4690  citrate carrier protein  36.4 
 
 
456 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3026  citrate carrier protein  37.1 
 
 
469 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5340  citrate carrier protein  37.1 
 
 
469 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.522817 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3390  citrate carrier protein  38.13 
 
 
454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301093  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4928  citrate carrier protein  37.1 
 
 
454 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.509755  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2357  citrate carrier protein  59.55 
 
 
301 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.192356 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0308  citrate carrier protein  37.95 
 
 
454 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.87694  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2023  Citrate carrier protein  35.67 
 
 
452 aa  283  6.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5219  citrate carrier protein  37.32 
 
 
454 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.374484 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1750  Citrate carrier protein  35.02 
 
 
456 aa  280  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020544  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3377  citrate carrier protein  37.71 
 
 
454 aa  278  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2324  Citrate carrier protein  35.28 
 
 
455 aa  270  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.415822  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4129  citrate carrier protein  35.6 
 
 
454 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2222  Citrate carrier protein  35.21 
 
 
455 aa  264  2e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.82686  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0701  citrate carrier protein  34.22 
 
 
437 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2789  citrate carrier protein  35.45 
 
 
427 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00204722  normal  0.85346 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1168  citrate/sodium symporter  31.46 
 
 
446 aa  199  9e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.226143  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2700  CCS family citrate carrier protein  34.66 
 
 
430 aa  195  1e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.545794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0062  citrate-sodium symporter  28.67 
 
 
446 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.557589 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0063  citrate-sodium symporter  28.44 
 
 
446 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0061  citrate-sodium symporter  28.44 
 
 
446 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.215839  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0062  citrate-sodium symporter  28.44 
 
 
446 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.193495  normal  0.608225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0064  citrate-sodium symporter  28.44 
 
 
446 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0322  citrate/sodium symporter  29.8 
 
 
448 aa  169  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1006  Na+/malate symporter  29.81 
 
 
420 aa  164  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1118  citrate carrier protein  27.48 
 
 
412 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0978  malate transporter  28.65 
 
 
385 aa  132  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.220084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>