More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0042 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  100 
 
 		 132 aa  269  1e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  68.97 
 
 		 121 aa  169  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  62.28 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3423  transcriptional regulator, HxlR family  57.76 
 
 		 127 aa  155  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  64.29 
 
 		 124 aa  154  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3282  transcriptional regulator, HxlR family  60.53 
 
 		 125 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  53.96 
 
 		 154 aa  150  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0897  PadR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 154 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 148 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3172  PadR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 174 aa  146  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.767015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1879  PadR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 174 aa  146  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2016  transcriptional regulator, putative  60.71 
 
 		 171 aa  146  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2730  PadR family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 154 aa  146  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.42105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  59.82 
 
 		 146 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  55.45 
 
 		 135 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 125 aa  136  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 146 aa  126  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  46.97 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0287  transcriptional regulator, HxlR family  47.75 
 
 		 129 aa  119  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0469  putative transcriptional regulator  54.39 
 
 		 128 aa  119  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3743  transcriptional regulator, HxlR family  47.71 
 
 		 151 aa  117  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.680438  normal  0.0400276 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2295  transcriptional regulator, HxlR family  47.22 
 
 		 134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  51.92 
 
 		 160 aa  117  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 121 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  49.5 
 
 		 130 aa  114  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  52.29 
 
 		 122 aa  113  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  43.9 
 
 		 144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04084  predicted transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.552706  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3781  transcriptional regulator, HxlR family  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3794  HxlR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.437038  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0500  hypothetical protein  45.54 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0476  hypothetical protein  45.54 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4782  putative transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0423531  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5729  putative transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0786413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04047  hypothetical protein  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  41.23 
 
 		 122 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4753  putative transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4465  putative transcriptional regulator  50.48 
 
 		 126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.49178  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1615  putative transcriptional regulatory protein  44.14 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0735023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2706  putative transcriptional regulator  38.28 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0523  HxlR family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4691  putative transcriptional regulator  49.52 
 
 		 126 aa  110  5e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8738  putative transcriptional regulator  45.79 
 
 		 137 aa  110  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0446  transcriptional regulator, HxlR family  48.04 
 
 		 135 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0324  transcriptional regulator protein-like protein  45.28 
 
 		 272 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3025  HxlR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29638  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  49.02 
 
 		 134 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5290  transcriptional regulator, HxlR family  44.34 
 
 		 127 aa  107  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27270  predicted transcriptional regulator  48.21 
 
 		 154 aa  107  7.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0592087  normal  0.288834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4610  transcriptional regulator, HxlR family  48.15 
 
 		 144 aa  107  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  48.04 
 
 		 150 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2508  hypothetical protein  44.86 
 
 		 142 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.261635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0026  transcriptional regulator, HxlR family  43.31 
 
 		 153 aa  105  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 134 aa  106  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0384  HxlR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 128 aa  105  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4289  transcriptional regulator, HxlR family  44.25 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2843  putative transcriptional regulator  48.48 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0861419  normal  0.0924063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1728  HxlR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1242  hypothetical protein  47.06 
 
 		 159 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2876  transcriptional regulator, HxlR family  46 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1620  putative transcriptional regulator  48.48 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2036  helix-turn-helix HxlR type  46.08 
 
 		 135 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 180 aa  104  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  46.08 
 
 		 135 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3592  HxlR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 124 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  47.52 
 
 		 135 aa  104  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2311  transcriptional regulator, HxlR family  46.08 
 
 		 135 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  45.79 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0552  transcriptional regulator, HxlR family  43.75 
 
 		 128 aa  104  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.328618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2312  hypothetical protein  45.1 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.866672 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  43.93 
 
 		 144 aa  103  5e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2608  transcriptional regulator, HxlR family  41.74 
 
 		 175 aa  103  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  48.45 
 
 		 163 aa  103  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 144 aa  102  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  48.45 
 
 		 163 aa  102  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1800  putative transcriptional regulator  51 
 
 		 128 aa  102  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6638  transcriptional regulator, HxlR family  45.54 
 
 		 134 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0006  HxlR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 137 aa  102  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000703871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  47.22 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2195  transcriptional regulator, HxlR family  42.45 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6037  HxlR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.929576  normal  0.346808 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3128  transcriptional regulator, HxlR family  45.63 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3369  hypothetical protein  48.45 
 
 		 111 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0346683  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4845  HxlR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.686423  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1296  HxlR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  normal  0.682914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0621  HxlR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  42.45 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2281  HxlR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 124 aa  101  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 135 aa  101  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5429  transcriptional regulator, HxlR family  43.75 
 
 		 149 aa  101  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1318  transcriptional regulator, HxlR family  43.57 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1455  transcriptional regulator, HxlR family  41.38 
 
 		 146 aa  100  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.250685  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2792  hypothetical protein  39.39 
 
 		 136 aa  100  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4233  transcriptional regulator, HxlR family  41.03 
 
 		 128 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3552  HxlR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 125 aa  100  7e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.640344 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0266  helix-turn-helix HxlR type  43.27 
 
 		 130 aa  100  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.661813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0324  transcriptional regulator, HxlR family  38.94 
 
 		 130 aa  100  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.948926  normal  0.0884753 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4817  HxlR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 133 aa  100  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.139481 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0103  transcriptional regulator, HxlR family  38.94 
 
 		 125 aa  99.4  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.917179  normal  0.669443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>