173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0032 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_4109  hypothetical protein  70.99 
 
 		 427 aa  643    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0032  hypothetical protein  100 
 
 		 434 aa  900    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0037  hypothetical protein  92.43 
 
 		 428 aa  825    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3923  hypothetical protein  70.21 
 
 		 427 aa  629  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0046  hypothetical protein  70.41 
 
 		 426 aa  624  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.379833 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0009  hypothetical protein  67.38 
 
 		 433 aa  598  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4201  putative ATP/GTP-binding protein  61.85 
 
 		 408 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4039  putative cytoplasmic protein  61.05 
 
 		 408 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03572  hypothetical protein  62.41 
 
 		 404 aa  518  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0014  conserved hypothetical protein  62.41 
 
 		 404 aa  519  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03516  hypothetical protein  62.41 
 
 		 404 aa  518  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0014  hypothetical protein  62.41 
 
 		 404 aa  519  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4198  hypothetical protein  62.41 
 
 		 404 aa  518  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3901  hypothetical protein  62.16 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4054  hypothetical protein  61.92 
 
 		 404 aa  512  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5122  hypothetical protein  60.93 
 
 		 416 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.116872 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0011  putative ATP/GTP-binding protein  58.91 
 
 		 408 aa  504  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4230  hypothetical protein  63.66 
 
 		 356 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4309  hypothetical protein  38.26 
 
 		 460 aa  268  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0549386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  32.17 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  38.14 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  35.9 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  35.78 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  33.33 
 
 		 572 aa  57.4  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  31.71 
 
 		 445 aa  57  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 440 aa  54.7  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1818  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  27.54 
 
 		 692 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0201758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 443 aa  54.7  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  31.62 
 
 		 427 aa  54.7  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  33.33 
 
 		 567 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2704  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  30.67 
 
 		 660 aa  54.3  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00329778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  34.29 
 
 		 1005 aa  54.7  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.72 
 
 		 362 aa  54.3  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.09 
 
 		 430 aa  54.3  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3323  transcriptional regulator domain protein  33.96 
 
 		 774 aa  53.9  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0826316  normal  0.463581 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1427  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  41.46 
 
 		 682 aa  53.5  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  30.77 
 
 		 429 aa  53.5  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  37.18 
 
 		 642 aa  53.5  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  33.62 
 
 		 407 aa  53.1  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  31.97 
 
 		 1062 aa  53.1  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.09 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  31.09 
 
 		 434 aa  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  32.2 
 
 		 1138 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1753  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  50.91 
 
 		 673 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  32.76 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  35.9 
 
 		 1059 aa  52.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  28.45 
 
 		 1113 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  30.6 
 
 		 982 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0114  peptidase S9, prolyl oligopeptidase  35.92 
 
 		 674 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  32.81 
 
 		 717 aa  51.2  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 421 aa  51.6  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0522  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  33.65 
 
 		 610 aa  51.6  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.450113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1375  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  30.71 
 
 		 708 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.635972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  32.77 
 
 		 443 aa  51.2  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  31.36 
 
 		 434 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  23.28 
 
 		 354 aa  51.2  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  29.66 
 
 		 422 aa  51.2  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  29.66 
 
 		 422 aa  51.2  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0121  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  35.92 
 
 		 674 aa  50.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  30.91 
 
 		 1062 aa  50.8  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  30 
 
 		 431 aa  50.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  31.09 
 
 		 434 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0857  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  46.43 
 
 		 670 aa  50.4  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  30 
 
 		 1081 aa  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  31.3 
 
 		 429 aa  49.7  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_008009  Acid345_4118  serine/threonine protein kinase  33.88 
 
 		 888 aa  50.1  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.116559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  29.66 
 
 		 1078 aa  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3086  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  38.1 
 
 		 605 aa  49.7  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.243477  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  30 
 
 		 431 aa  49.7  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  30.65 
 
 		 442 aa  49.7  0.00009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  29.17 
 
 		 425 aa  49.7  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  34.19 
 
 		 426 aa  49.3  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  30 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  28.18 
 
 		 1069 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  30 
 
 		 1062 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  29.17 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  30 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  30.91 
 
 		 1062 aa  49.7  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  29.17 
 
 		 431 aa  49.7  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  30 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1709  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  35.29 
 
 		 594 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  31.31 
 
 		 695 aa  49.3  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  30.51 
 
 		 1062 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  35.23 
 
 		 437 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  30 
 
 		 1066 aa  49.3  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  36.29 
 
 		 316 aa  49.3  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  30 
 
 		 1062 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.75 
 
 		 432 aa  48.9  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  32.8 
 
 		 1125 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  30 
 
 		 1065 aa  48.9  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  34.17 
 
 		 1097 aa  48.9  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0132  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  33.8 
 
 		 674 aa  48.5  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  30 
 
 		 1062 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0755  TolB domain-containing protein  32.09 
 
 		 457 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0776  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  33.03 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.605794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  30 
 
 		 1062 aa  49.3  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  29.3 
 
 		 1052 aa  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  30 
 
 		 1062 aa  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1561  WD40 domain-containing protein  31.31 
 
 		 375 aa  47.8  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  31.13 
 
 		 462 aa  47.8  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>