More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0019 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.77 
 
 
325 aa  635    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
325 aa  641    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.43 
 
 
323 aa  525  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.4 
 
 
324 aa  497  1e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.68 
 
 
324 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.77 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
327 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.5 
 
 
327 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.77 
 
 
325 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  58.95 
 
 
325 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.82 
 
 
324 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.77 
 
 
325 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.88 
 
 
323 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  60.5 
 
 
328 aa  382  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.79 
 
 
315 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  57.41 
 
 
324 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.79 
 
 
324 aa  352  7e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.17 
 
 
324 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  55.17 
 
 
323 aa  322  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.59 
 
 
321 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.38 
 
 
327 aa  298  6e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
326 aa  297  1e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.38 
 
 
327 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
328 aa  296  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
325 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  47.02 
 
 
327 aa  293  4e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
324 aa  293  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
326 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
326 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.31 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  44.2 
 
 
326 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.54 
 
 
391 aa  278  7e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  44.06 
 
 
326 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 
338 aa  276  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
326 aa  276  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
326 aa  275  7e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
326 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
326 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.21 
 
 
324 aa  267  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
325 aa  265  7e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  38.7 
 
 
325 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  40.25 
 
 
342 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
326 aa  261  8e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
321 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
325 aa  259  3e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
325 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  39.63 
 
 
325 aa  259  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  38.39 
 
 
325 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
349 aa  258  8e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
336 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
349 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.64 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.94 
 
 
336 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.48 
 
 
337 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.94 
 
 
336 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
336 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
336 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.64 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.4 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.4 
 
 
336 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  39.22 
 
 
310 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
335 aa  250  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
322 aa  249  4e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  37.54 
 
 
336 aa  247  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.1 
 
 
336 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
336 aa  245  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.81 
 
 
336 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.32 
 
 
333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  37.98 
 
 
339 aa  237  2e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 
335 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
335 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.64 
 
 
335 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  39.34 
 
 
335 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.17 
 
 
336 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.28 
 
 
339 aa  235  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  39.04 
 
 
336 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  37.57 
 
 
339 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  36.69 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
334 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  36.98 
 
 
339 aa  233  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
304 aa  233  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>