138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_43270 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 
369 aa  758    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  97.02 
 
 
369 aa  739    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  69.84 
 
 
370 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  72.28 
 
 
373 aa  535  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  69.57 
 
 
370 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  70.99 
 
 
370 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  69.57 
 
 
370 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  67.85 
 
 
366 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  69.7 
 
 
365 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  68.12 
 
 
366 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  68.32 
 
 
367 aa  520  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  57.53 
 
 
366 aa  431  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  59 
 
 
365 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  54.32 
 
 
372 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  51.1 
 
 
367 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  49.31 
 
 
368 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  49.31 
 
 
368 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 
369 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  48.75 
 
 
368 aa  361  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  48.76 
 
 
367 aa  359  5e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  48.48 
 
 
368 aa  358  6e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  50.42 
 
 
372 aa  350  3e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  48.16 
 
 
365 aa  349  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  49.28 
 
 
376 aa  347  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  47.59 
 
 
369 aa  345  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  46.54 
 
 
366 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  48.03 
 
 
367 aa  344  2e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  48.73 
 
 
365 aa  341  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  47.66 
 
 
369 aa  339  5e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  47.78 
 
 
384 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  48.28 
 
 
365 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  48.26 
 
 
372 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  46.18 
 
 
368 aa  333  4e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  47.37 
 
 
364 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  47.37 
 
 
364 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  47.37 
 
 
364 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  47.09 
 
 
364 aa  322  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  47.38 
 
 
364 aa  322  5e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  47.51 
 
 
361 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  44.82 
 
 
364 aa  319  5e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  47.11 
 
 
364 aa  319  6e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  47.09 
 
 
364 aa  318  9e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  47.09 
 
 
364 aa  318  9e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  46.83 
 
 
364 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  46.83 
 
 
364 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  46.83 
 
 
364 aa  317  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  46.83 
 
 
364 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  46.81 
 
 
364 aa  316  4e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  45.89 
 
 
356 aa  308  9e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  43.49 
 
 
374 aa  298  8e-80  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  42.12 
 
 
370 aa  289  7e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  43.45 
 
 
361 aa  289  7e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  39.92 
 
 
347 aa  157  4e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  32.14 
 
 
358 aa  152  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  32.75 
 
 
347 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  34.88 
 
 
354 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  32.61 
 
 
353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  31.54 
 
 
345 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  38.08 
 
 
347 aa  144  3e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  29.07 
 
 
347 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  31.89 
 
 
344 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  31.95 
 
 
339 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  32.56 
 
 
346 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  29.74 
 
 
346 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  33.93 
 
 
335 aa  138  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.65 
 
 
346 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  31.1 
 
 
366 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  31.17 
 
 
338 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  31.85 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  31.5 
 
 
346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  33.22 
 
 
346 aa  130  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  32.74 
 
 
344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  32.57 
 
 
350 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  30 
 
 
349 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  32.18 
 
 
350 aa  129  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32.92 
 
 
327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  32.32 
 
 
344 aa  126  5e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  31.04 
 
 
353 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  31.09 
 
 
346 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  36.53 
 
 
342 aa  125  1e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  35 
 
 
332 aa  122  7e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 
356 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  34.58 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.3 
 
 
350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  34.34 
 
 
371 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  30.83 
 
 
359 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  30.64 
 
 
359 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  30.57 
 
 
375 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  30.83 
 
 
359 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  30.83 
 
 
359 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  30.4 
 
 
377 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  34.58 
 
 
332 aa  118  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  31.63 
 
 
356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  30.29 
 
 
375 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  29.86 
 
 
358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  32.13 
 
 
349 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  35.54 
 
 
342 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  32.53 
 
 
373 aa  116  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  26.73 
 
 
342 aa  116  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  34.54 
 
 
336 aa  116  6e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>