85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_31080 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_31080  putative conjugal transfer protein  100 
 
 
191 aa  374  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000439083  unclonable  1.40338e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1882  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  82.91 
 
 
199 aa  312  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.760081  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1292  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  79.4 
 
 
199 aa  301  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1258  TraF peptidase  78.39 
 
 
195 aa  298  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0804995 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2658  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.38 
 
 
199 aa  285  4e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1862 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0454  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  76.88 
 
 
195 aa  281  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3521  TraF peptidase. Serine peptidase. MEROPS family S26C  74.87 
 
 
195 aa  264  5e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2717  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75.38 
 
 
195 aa  263  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.378088  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3020  TraF peptidase  75.38 
 
 
195 aa  263  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0572559 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1988  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  73.2 
 
 
195 aa  262  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1488  TraF peptidase  76.88 
 
 
195 aa  261  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.147987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2624  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  72.86 
 
 
195 aa  261  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0317965  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3727  conjugal transfer protein  70.44 
 
 
203 aa  256  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35940  conjugative transfer signal peptidase TraF  75.86 
 
 
174 aa  251  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1267  TraF peptidase  66.32 
 
 
195 aa  249  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2929  TraF peptidase  75.37 
 
 
203 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.16718  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2602  conjugal transfer TraF transmembrane protein  70.85 
 
 
199 aa  244  4e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.521949  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0690  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  75 
 
 
203 aa  235  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4170  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  67.78 
 
 
183 aa  226  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2333  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  74.07 
 
 
199 aa  223  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2090  putative conjugal transfer TRAF transmembrane protein  59.71 
 
 
177 aa  159  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2871  putative conjugal transfer protein precursor  47.92 
 
 
181 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0218812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7735  putative conjugal transfer protein precursor  48.61 
 
 
181 aa  131  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2015  conjugal transfer protein TraF  47.65 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.494735  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0519  TraF peptidase  46.53 
 
 
181 aa  127  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3821  putative conjugal transfer protein precursor  45.64 
 
 
181 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.322448  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3685  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  50 
 
 
192 aa  125  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2493  conjugal transfer protein traF  47.5 
 
 
196 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.955009 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4011  peptidase S26C conjugative transfer signal peptidase TraF  43.9 
 
 
181 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0585  conjugal transfer protein precursor  42.68 
 
 
181 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.961115  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0978  putative conjugal transfer protein TraF  45.91 
 
 
209 aa  121  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3080  conjugal transfer protein precursor  45.89 
 
 
181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1030  putative conjugal transfer protein TraF  43.92 
 
 
180 aa  119  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201544  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0182  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  49.64 
 
 
147 aa  118  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3011  conjugal transfer protein precursor  39.63 
 
 
181 aa  118  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0849  conjugal transfer protein precursor  43.37 
 
 
186 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0246134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0756  putative conjugal transfer protein precursor  41.67 
 
 
181 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0362  conjugal transfer protein precursor  48.23 
 
 
192 aa  116  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3189  conjugal transfer protein precursor  43.62 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.110691  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2802  conjugal transfer protein precursor  43.36 
 
 
181 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2622  conjugal transfer protein traF  47.55 
 
 
199 aa  110  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1605  conjugal transfer protein precursor  41.36 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1510  conjugal transfer protein precursor  41.42 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0136  hypothetical protein  40.24 
 
 
310 aa  109  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.182837  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3349  putative conjugal transfer protein (traF)  40.74 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236626  normal  0.920518 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3535  conjugal transfer protein precursor  42.66 
 
 
181 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1200  conjugal transfer protein precursor  42.66 
 
 
181 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7435  putative conjugal transfer protein precursor  42.45 
 
 
163 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.622204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3906  conjugal transfer protein precursor  39.07 
 
 
171 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2333  TraF peptidase  39.13 
 
 
181 aa  105  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.530383  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5335  conjugal transfer protein TraF  42.96 
 
 
179 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3373  conjugal transfer protein precursor  37.34 
 
 
188 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.117002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3556  conjugal transfer protein precursor  41.67 
 
 
181 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3183  conjugal transfer protein precursor  37.84 
 
 
200 aa  101  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3845  TraF peptidase  40.13 
 
 
186 aa  101  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.232277  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1819  plasmid transfer protein TraF  39.47 
 
 
192 aa  101  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2250  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  47.1 
 
 
172 aa  97.8  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1721  putative conjugal transfer protein  38.67 
 
 
168 aa  97.1  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000828032  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5167  putative conjugal transfer protein  41.26 
 
 
176 aa  90.5  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59873  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0706  conjugal transfer protein precursor  37.68 
 
 
181 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2356  conjugal transfer protein TraF  35.82 
 
 
175 aa  85.5  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0684  conjugal transfer protein precursor  32.28 
 
 
193 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2342  conjugal transfer protein precursor  34.33 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.131603  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0628  putative conjugal transfer protein TraF  35.53 
 
 
220 aa  74.7  0.0000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4318  conjugal transfer peptidase TraF  36.11 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.666269  normal  0.975126 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5392  conjugal transfer pilin processing protease TraF  38.27 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261022  normal  0.138256 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0024  conjugal transfer peptidase TraF  29.09 
 
 
174 aa  62  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0928495  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9596  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.03 
 
 
177 aa  61.6  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1613  Peptidase S26, conserved region  34.88 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6524  conjugal transfer peptidase TraF  35.42 
 
 
178 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6613  conjugal transfer peptidase TraF  35.42 
 
 
178 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8132  conjugal transfer pilin processing protease TraF  35.12 
 
 
176 aa  58.5  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.562058  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4541  conjugal transfer pilin processing protease TraF  33.52 
 
 
177 aa  58.2  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708935  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7065  conjugal transfer pilin processing protease TraF  37.01 
 
 
169 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5513  conjugal transfer pilin processing protease TraF  34.27 
 
 
188 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0619893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0276  Type IV secretory pathway protease TraF-like protein  29.94 
 
 
196 aa  49.7  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2247  conjugal transfer peptidase TraF  28.24 
 
 
178 aa  48.9  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1111  signal peptidase I  38.27 
 
 
207 aa  48.9  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.305344  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9191  conjugal transfer pilin processing protease TraF  31.4 
 
 
176 aa  48.5  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1416  conjugal transfer protein precursor  27.63 
 
 
181 aa  46.6  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3710  signal peptidase I  29.57 
 
 
272 aa  45.4  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2531  conjugal transfer protein TraF  37.66 
 
 
174 aa  45.1  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400646  normal  0.92431 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1726  conjugal transfer protein TraF, putative  26.8 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4714  conjugative transfer signal peptidase TraF  30.82 
 
 
162 aa  44.7  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0692  signal peptidase I  31.45 
 
 
184 aa  44.3  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0204577  hitchhiker  0.0000207144 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>