More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_25110 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01250  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.856005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2375  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000189026  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1432  DNA topoisomerase I  67.05 
 
 
865 aa  1213    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0283977  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1164  DNA topoisomerase I  64.87 
 
 
879 aa  1189    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144967  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  89.53 
 
 
869 aa  1638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1614  DNA topoisomerase I  67.05 
 
 
865 aa  1214    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  hitchhiker  0.000000000000466003 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  86.75 
 
 
868 aa  1591    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01260  hypothetical protein  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.742047  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2609  DNA topoisomerase I  67.77 
 
 
880 aa  1236    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0281339  decreased coverage  0.00102405 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1498  DNA topoisomerase I  67.62 
 
 
865 aa  1227    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1197  DNA topoisomerase I  61.12 
 
 
899 aa  1104    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1332  DNA topoisomerase I  66.13 
 
 
876 aa  1212    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000656424  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2705  DNA topoisomerase I  68.57 
 
 
878 aa  1240    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3514  DNA topoisomerase I  86.67 
 
 
869 aa  1581    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2354  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.01053  unclonable  0.0000000472675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1803  DNA topoisomerase I  65.6 
 
 
906 aa  1192    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0789615  hitchhiker  0.0000387309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  89.41 
 
 
869 aa  1636    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3287  DNA topoisomerase I  87.13 
 
 
870 aa  1592    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1660  DNA topoisomerase I  61.35 
 
 
892 aa  1122    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000915276  normal  0.794129 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003948  DNA topoisomerase I  66.82 
 
 
876 aa  1212    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0644345  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1146  DNA topoisomerase I  70.99 
 
 
879 aa  1311    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2657  DNA topoisomerase I  67.28 
 
 
865 aa  1204    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000104499  unclonable  0.0000000870588 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1383  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2196  DNA topoisomerase I  65.9 
 
 
865 aa  1200    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735168  unclonable  0.00000487546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1535  DNA topoisomerase I  66.21 
 
 
896 aa  1201    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.351865  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3876  DNA topoisomerase I  88.28 
 
 
876 aa  1608    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198302  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1923  DNA topoisomerase I  68 
 
 
871 aa  1209    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0924763  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1855  DNA topoisomerase I  67.77 
 
 
880 aa  1236    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000497797 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1857  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  2.2475e-18 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0393  DNA topoisomerase I  64.31 
 
 
884 aa  1147    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000925228  unclonable  0.0000000013775 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1924  DNA topoisomerase I  66.82 
 
 
868 aa  1189    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  89.41 
 
 
869 aa  1635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2114  DNA topoisomerase I  68.27 
 
 
875 aa  1271    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000002449 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2496  DNA topoisomerase I  67.66 
 
 
880 aa  1233    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  99.65 
 
 
868 aa  1795    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2224  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
898 aa  1212    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.648811  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1474  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00320061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1783  DNA topoisomerase I  69.41 
 
 
903 aa  1307    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2489  DNA topoisomerase I  67.77 
 
 
880 aa  1236    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.297791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2328  DNA topoisomerase I  66.78 
 
 
895 aa  1224    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.664503  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2015  DNA topoisomerase I  65.9 
 
 
866 aa  1186    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00844458  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1560  DNA topoisomerase I  69.36 
 
 
877 aa  1252    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1901  DNA topoisomerase I  61.69 
 
 
896 aa  1124    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.164413  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0302  DNA topoisomerase I  54.94 
 
 
857 aa  995    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2356  DNA topoisomerase I  65.94 
 
 
879 aa  1197    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0613436  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1904  DNA topoisomerase I  67.05 
 
 
865 aa  1213    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  2.78185e-16 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0914  DNA topoisomerase I  64.32 
 
 
868 aa  1155    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1585  DNA topoisomerase I  68.46 
 
 
894 aa  1242    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.328544  normal  0.0409432 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1660  DNA topoisomerase I  68.57 
 
 
894 aa  1244    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.367793  unclonable  0.0000368554 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2478  DNA topoisomerase I  66.21 
 
 
895 aa  1206    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  91.02 
 
 
868 aa  1654    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  100 
 
 
868 aa  1801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1846  DNA topoisomerase I  67.05 
 
 
865 aa  1214    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.996923  normal  0.0120486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1841  DNA topoisomerase I  66.93 
 
 
865 aa  1212    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.253396  hitchhiker  0.0000000000877757 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02352  DNA topoisomerase I  66.09 
 
 
886 aa  1196    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.346512  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2304  DNA topoisomerase I  67.78 
 
 
871 aa  1204    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.926517  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2841  DNA topoisomerase I  65.71 
 
 
889 aa  1194    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.598505  hitchhiker  0.00000400834 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1729  DNA topoisomerase I  68.57 
 
 
894 aa  1243    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0724746 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2316  DNA topoisomerase I  66.36 
 
 
866 aa  1189    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.105291  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2162  DNA topoisomerase I  66.32 
 
 
867 aa  1195    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.010806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1906  DNA topoisomerase I  67.74 
 
 
865 aa  1228    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.176274  hitchhiker  0.000000000000101765 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2033  DNA topoisomerase I  68 
 
 
871 aa  1209    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01574  DNA topoisomerase I  66.06 
 
 
876 aa  1202    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  89.53 
 
 
869 aa  1638    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1322  DNA topoisomerase I  67.62 
 
 
872 aa  1236    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425671  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2250  DNA topoisomerase I  67.66 
 
 
880 aa  1229    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1971  DNA topoisomerase I  63.68 
 
 
883 aa  1138    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.819086  normal  0.697086 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  42.97 
 
 
813 aa  578  1.0000000000000001e-163  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  42.69 
 
 
831 aa  575  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  42.69 
 
 
831 aa  573  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  42.69 
 
 
831 aa  573  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  41.86 
 
 
780 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  41.46 
 
 
894 aa  561  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  40.66 
 
 
853 aa  560  1e-158  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  41.95 
 
 
836 aa  557  1e-157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  41.46 
 
 
767 aa  556  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  40.82 
 
 
695 aa  550  1e-155  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  40 
 
 
793 aa  552  1e-155  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  41.48 
 
 
789 aa  544  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  43.19 
 
 
711 aa  545  1e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  41.64 
 
 
747 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  40.53 
 
 
697 aa  535  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  40.24 
 
 
710 aa  533  1e-150  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  40.21 
 
 
760 aa  531  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  40.69 
 
 
691 aa  530  1e-149  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  41.49 
 
 
700 aa  526  1e-148  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  41.22 
 
 
700 aa  526  1e-148  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  39.81 
 
 
693 aa  526  1e-148  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  40.69 
 
 
751 aa  528  1e-148  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  40.79 
 
 
743 aa  528  1e-148  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  40.29 
 
 
702 aa  527  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 
700 aa  526  1e-148  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1674  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 
700 aa  526  1e-148  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.121954  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  39.71 
 
 
694 aa  526  1e-148  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  39.2 
 
 
758 aa  524  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0600  DNA topoisomerase I  39.37 
 
 
711 aa  523  1e-147  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00101448  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  40.96 
 
 
700 aa  520  1e-146  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  42.14 
 
 
746 aa  521  1e-146  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  38.4 
 
 
758 aa  521  1e-146  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  40.34 
 
 
697 aa  518  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>