More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_18200 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  605  1e-172  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  98.37 
 
 
306 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  71.29 
 
 
304 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  67.69 
 
 
307 aa  411  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 
309 aa  399  1e-110  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  68.03 
 
 
307 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 
299 aa  344  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
299 aa  335  8e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  58.19 
 
 
354 aa  330  2e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  55.26 
 
 
304 aa  322  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  55.56 
 
 
319 aa  321  1e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  55.26 
 
 
304 aa  319  4e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 
307 aa  316  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  54.64 
 
 
321 aa  310  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 
302 aa  308  5e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  53.57 
 
 
310 aa  306  4e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
296 aa  304  1e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
304 aa  303  3e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 
296 aa  301  8e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 
296 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 
323 aa  299  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
300 aa  299  5e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.69133e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 
301 aa  298  6e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 
307 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  52.82 
 
 
309 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  52.53 
 
 
309 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
302 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
305 aa  287  1e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
305 aa  285  6e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
310 aa  285  7e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
308 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
307 aa  283  2e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.24 
 
 
311 aa  283  3e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 
308 aa  282  4e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
309 aa  281  8e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
308 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
308 aa  279  4e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 
309 aa  279  5e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 
313 aa  277  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  43.2 
 
 
309 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  46.1 
 
 
307 aa  274  1e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  43.2 
 
 
307 aa  273  2e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
319 aa  263  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
323 aa  259  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.6 
 
 
299 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 
331 aa  243  2e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  49.06 
 
 
301 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  45.7 
 
 
327 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 
331 aa  240  3e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
327 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  44.89 
 
 
304 aa  239  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  39.86 
 
 
302 aa  234  2e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
310 aa  233  2e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 
341 aa  233  4e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
310 aa  232  7e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
311 aa  229  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.18 
 
 
311 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
305 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
310 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
310 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
310 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
305 aa  220  2e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
310 aa  219  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
325 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
325 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
320 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
304 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
303 aa  214  2e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
309 aa  213  4e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 
303 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  45.69 
 
 
302 aa  209  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
324 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
303 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
304 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
299 aa  199  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
308 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
314 aa  194  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.29 
 
 
311 aa  192  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
312 aa  190  3e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
313 aa  189  6e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  39.84 
 
 
301 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 
300 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
304 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  37.67 
 
 
309 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
301 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
301 aa  184  2e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
301 aa  184  2e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
301 aa  183  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
301 aa  182  4e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
301 aa  182  4e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
300 aa  182  4e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>