103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_02960 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  100 
 
 
271 aa  517  1e-146  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  73.06 
 
 
271 aa  384  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  68.63 
 
 
271 aa  367  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  66.17 
 
 
271 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  66.17 
 
 
271 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  65.06 
 
 
271 aa  345  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  64.21 
 
 
271 aa  343  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  53.53 
 
 
278 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  50 
 
 
273 aa  261  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  47.72 
 
 
270 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  48.96 
 
 
287 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  46.95 
 
 
277 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  43.64 
 
 
275 aa  201  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  42.05 
 
 
276 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  39.86 
 
 
286 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  35.09 
 
 
285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.19 
 
 
269 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  40.66 
 
 
269 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  41.35 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.4 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.65 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.98 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  35.25 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  36.08 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.74 
 
 
274 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  34.33 
 
 
299 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  35.45 
 
 
279 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  34.67 
 
 
270 aa  99.8  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  45.76 
 
 
288 aa  97.4  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  31.12 
 
 
277 aa  89.4  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  35.65 
 
 
279 aa  89.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.27 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  40.67 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  28.36 
 
 
292 aa  77  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.75 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  28.39 
 
 
284 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.62 
 
 
628 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  35.62 
 
 
628 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.13 
 
 
632 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  27.01 
 
 
297 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  41.88 
 
 
280 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  35.87 
 
 
257 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  33.02 
 
 
270 aa  59.7  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.26 
 
 
615 aa  59.7  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  32.5 
 
 
687 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.43 
 
 
627 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  34.19 
 
 
626 aa  57  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.56 
 
 
624 aa  55.8  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  35.71 
 
 
477 aa  54.7  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  29.88 
 
 
635 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.12 
 
 
638 aa  52.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.33 
 
 
623 aa  52.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.5 
 
 
633 aa  52.8  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
628 aa  52.8  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  33.83 
 
 
629 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.49 
 
 
617 aa  51.6  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.88 
 
 
631 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.63 
 
 
624 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.88 
 
 
631 aa  50.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  29.27 
 
 
629 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  26.82 
 
 
305 aa  50.4  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.37 
 
 
627 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.23 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.23 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.23 
 
 
630 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  31.63 
 
 
297 aa  49.7  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 
615 aa  49.7  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30 
 
 
627 aa  49.3  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.7 
 
 
645 aa  49.3  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  31.54 
 
 
634 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.36 
 
 
687 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  30.36 
 
 
684 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 
630 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 
630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  32.74 
 
 
634 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.66 
 
 
632 aa  48.5  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 
630 aa  48.9  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.83 
 
 
630 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
635 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.5 
 
 
637 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
635 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.32 
 
 
630 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  26.55 
 
 
295 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  26.55 
 
 
295 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 
635 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  26.55 
 
 
295 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.66 
 
 
604 aa  47  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.57 
 
 
635 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  26.74 
 
 
298 aa  46.2  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.71 
 
 
630 aa  46.2  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.02 
 
 
635 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.83 
 
 
287 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.04 
 
 
635 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.31 
 
 
313 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  27.4 
 
 
272 aa  42.7  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>