78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_01140 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  100 
 
 
439 aa  875  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  97.61 
 
 
434 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2862  hypothetical protein  61.54 
 
 
134 aa  169  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.877818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  34.67 
 
 
1411 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  38.32 
 
 
1400 aa  84.7  3e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  38.32 
 
 
1385 aa  84.7  3e-15  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  33.78 
 
 
1229 aa  83.6  7e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  38.46 
 
 
1409 aa  83.6  7e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  40.93 
 
 
406 aa  82.4  2e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  46.88 
 
 
386 aa  80.1  6e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  42.25 
 
 
1140 aa  74.7  3e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  35.76 
 
 
1410 aa  73.6  6e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  36.04 
 
 
855 aa  71.6  3e-11  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  37.89 
 
 
1446 aa  71.6  3e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  37.5 
 
 
1654 aa  70.1  7e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  35.67 
 
 
1386 aa  70.1  8e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  34.18 
 
 
444 aa  69.3  1e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  34.07 
 
 
1379 aa  68.9  2e-10  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  36.3 
 
 
1422 aa  68.6  2e-10  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  30.51 
 
 
1419 aa  66.6  8e-10  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  32.43 
 
 
1437 aa  66.6  9e-10  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  34.11 
 
 
1457 aa  65.5  2e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  34.11 
 
 
1475 aa  65.9  2e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  34.69 
 
 
1421 aa  63.5  6e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  31.94 
 
 
1494 aa  63.2  9e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  34.97 
 
 
1517 aa  63.2  9e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  31.94 
 
 
1494 aa  63.2  9e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  31.94 
 
 
1487 aa  63.2  9e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  31.47 
 
 
1495 aa  62  2e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  45.35 
 
 
540 aa  59.7  1e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  34.53 
 
 
1428 aa  59.3  1e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  35.67 
 
 
1359 aa  58.9  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  32.48 
 
 
1423 aa  58.5  2e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  32.03 
 
 
1447 aa  58.5  2e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  30.77 
 
 
1604 aa  58.2  3e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0847  hypothetical protein  26.7 
 
 
259 aa  56.6  8e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.67513e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  29.38 
 
 
1390 aa  54.3  4e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.38 
 
 
1418 aa  54.3  4e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  44.71 
 
 
592 aa  54.3  4e-06  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  29.38 
 
 
1402 aa  54.3  4e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  36.84 
 
 
1505 aa  50.4  6e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  37.61 
 
 
1616 aa  50.1  7e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  41.18 
 
 
466 aa  50.1  8e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  37.93 
 
 
101 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2972  hypothetical protein  22.35 
 
 
260 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.25401e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  37.08 
 
 
102 aa  49.3  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  35.87 
 
 
118 aa  48.9  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2632  hypothetical protein  25.62 
 
 
253 aa  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.535591  normal  0.96162 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  35.96 
 
 
1600 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  39.24 
 
 
461 aa  47.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  35.62 
 
 
96 aa  47.4  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  39.24 
 
 
456 aa  47  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  37.04 
 
 
86 aa  46.6  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  37.04 
 
 
86 aa  46.6  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  37.04 
 
 
86 aa  46.6  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  36.26 
 
 
1583 aa  46.2  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003702  hypothetical protein  26.2 
 
 
259 aa  46.2  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.354988  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0786  hypothetical protein  26.19 
 
 
261 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.613295  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  39.24 
 
 
456 aa  45.8  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  41.05 
 
 
1530 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0790  hypothetical protein  24.6 
 
 
261 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  36.26 
 
 
597 aa  45.8  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3180  hypothetical protein  26.19 
 
 
261 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0594296  normal  0.121226 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0910  hypothetical protein  21.28 
 
 
266 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0596498  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02113  hypothetical protein  28.35 
 
 
256 aa  44.3  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 
1381 aa  44.3  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3749  hypothetical protein  26.28 
 
 
261 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.511212  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  39.24 
 
 
96 aa  43.9  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0758  hypothetical protein  25.4 
 
 
261 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0270421  normal  0.286638 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3558  hypothetical protein  26.28 
 
 
261 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00233545  normal  0.0372974 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2789  PAAR  39.29 
 
 
105 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0285082  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.5  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3510  hypothetical protein  25.38 
 
 
267 aa  43.5  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0178381  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.1  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.1  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  35.58 
 
 
1541 aa  43.1  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>