77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_00600 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  256  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  82.57 
 
 
138 aa  187  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  28.57 
 
 
240 aa  50.4  9e-06  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
111 aa  47.4  6e-05  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.60527e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  35.48 
 
 
252 aa  47.4  8e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
380 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  28.79 
 
 
374 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 
163 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
205 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  32.43 
 
 
262 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  27.62 
 
 
137 aa  45.4  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
137 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  32.43 
 
 
262 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
262 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 
262 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  45.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  3.32957e-11  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  34.29 
 
 
114 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
321 aa  44.7  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
142 aa  44.7  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 
231 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  34.29 
 
 
114 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2448  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 
196 aa  44.3  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000416057  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  35.48 
 
 
200 aa  43.9  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  28.79 
 
 
374 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 
142 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  29.09 
 
 
114 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  29.09 
 
 
114 aa  43.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  27.16 
 
 
97 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  42.22 
 
 
82 aa  43.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  32.98 
 
 
130 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  31.67 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  2.87063e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  26.67 
 
 
135 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  29.49 
 
 
152 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 
110 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  29.49 
 
 
186 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
186 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  29.49 
 
 
186 aa  42.4  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 
197 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  35.85 
 
 
145 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  29.49 
 
 
186 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 
100 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  34.25 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  27.63 
 
 
374 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 
142 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  32.26 
 
 
369 aa  41.6  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 
131 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  29.49 
 
 
197 aa  41.6  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
140 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32 
 
 
118 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  6.79525e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2386  transcriptional regulator, XRE family  34.15 
 
 
159 aa  41.6  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256982  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 
114 aa  41.6  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  7.59518e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 
182 aa  41.2  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  29.49 
 
 
186 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  4.46905e-09 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 
132 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  29.49 
 
 
186 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  36.21 
 
 
161 aa  41.2  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  26.87 
 
 
114 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6591  conjugal transfer protein TrbA  36.73 
 
 
120 aa  40.4  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  1.02889e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
490 aa  40.8  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4275  conjugal transfer protein TrbA  36.73 
 
 
120 aa  40.8  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  6.75879e-22  normal  0.733184 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  29.11 
 
 
181 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6501  conjugal transfer protein TrbA  36.73 
 
 
120 aa  40.4  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.73415e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  25.27 
 
 
181 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
170 aa  40.4  0.009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 
242 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2593  transcriptional regulator  28.12 
 
 
116 aa  40  0.01  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 
273 aa  40  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>