More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_00460 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  100 
 
 		 295 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  92.52 
 
 		 297 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 303 aa  427  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  76.45 
 
 		 318 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  72.7 
 
 		 318 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  71.67 
 
 		 302 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 305 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 298 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 298 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 298 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  70.65 
 
 		 298 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  57.82 
 
 		 295 aa  281  9e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  58.16 
 
 		 338 aa  247  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  43.73 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 316 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.39 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  44.93 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.04 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 292 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  40.3 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  39.77 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.48 
 
 		 304 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  36.74 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.1 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  36.84 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>