More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_00230 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  100 
 
 
362 aa  690  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  89.23 
 
 
362 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  68.82 
 
 
366 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  6.11984e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  69.19 
 
 
365 aa  468  1e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  69.53 
 
 
394 aa  470  1e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  69.47 
 
 
365 aa  469  1e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  6.67659e-15 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  72.1 
 
 
368 aa  457  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  69.89 
 
 
372 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  69.47 
 
 
365 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  5.61308e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  69.36 
 
 
365 aa  439  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  2.26151e-06 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  73.74 
 
 
366 aa  440  1e-122  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  51.74 
 
 
379 aa  279  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  48.6 
 
 
388 aa  275  1e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.12 
 
 
399 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  49.4 
 
 
336 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  55.36 
 
 
320 aa  270  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  50.42 
 
 
368 aa  268  7e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  48.07 
 
 
375 aa  268  9e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  51.93 
 
 
308 aa  268  1e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  49.29 
 
 
364 aa  267  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  48.3 
 
 
377 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  51.76 
 
 
296 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  48.16 
 
 
379 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  43.66 
 
 
361 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  43.78 
 
 
369 aa  259  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  42.78 
 
 
352 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  43.38 
 
 
361 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  51.01 
 
 
399 aa  256  4e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  47.85 
 
 
365 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  47.85 
 
 
365 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  45.71 
 
 
377 aa  256  5e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  45.73 
 
 
372 aa  256  6e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  43.51 
 
 
369 aa  255  7e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  45.23 
 
 
374 aa  255  9e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  49.69 
 
 
358 aa  255  1e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  47.91 
 
 
386 aa  254  1e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  47.21 
 
 
365 aa  254  1e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  47.12 
 
 
386 aa  253  5e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.42 
 
 
369 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  43.21 
 
 
377 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  46.09 
 
 
384 aa  246  6e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  47.81 
 
 
373 aa  244  1e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3567  DNA processing protein DprA, putative  46.59 
 
 
371 aa  244  2e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  46.83 
 
 
382 aa  243  4e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  45.09 
 
 
408 aa  240  3e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  48.32 
 
 
374 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  45.64 
 
 
379 aa  239  5e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  239  6e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  239  6e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  44.77 
 
 
377 aa  239  7e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  238  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  238  8e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  49.17 
 
 
374 aa  238  8e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  238  8e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  49.17 
 
 
374 aa  238  8e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  48.84 
 
 
374 aa  238  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  49.17 
 
 
374 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  42.48 
 
 
368 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 
374 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  42.78 
 
 
371 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 
374 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 
374 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  47.99 
 
 
374 aa  236  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  47.75 
 
 
371 aa  236  5e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  46.64 
 
 
338 aa  236  6e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.15281e-06 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  46.52 
 
 
379 aa  235  7e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  46.64 
 
 
338 aa  235  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  46.64 
 
 
338 aa  235  9e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  50.7 
 
 
448 aa  235  1e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  47.12 
 
 
374 aa  234  2e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  46 
 
 
362 aa  234  2e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  44.63 
 
 
331 aa  234  2e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  45.69 
 
 
399 aa  233  4e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  44.3 
 
 
368 aa  233  4e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  46.31 
 
 
338 aa  233  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  46.31 
 
 
338 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  46.31 
 
 
338 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  46.31 
 
 
338 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  48.15 
 
 
373 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  45.97 
 
 
338 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24726e-06 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  44.42 
 
 
475 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  44.67 
 
 
338 aa  230  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  44.01 
 
 
405 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  43.02 
 
 
373 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  47.32 
 
 
401 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  42.45 
 
 
381 aa  229  6e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  42.45 
 
 
381 aa  229  7e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 
422 aa  229  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  45.97 
 
 
373 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  45.97 
 
 
373 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  44.16 
 
 
475 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  60.28 
 
 
405 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  46.31 
 
 
338 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  44.54 
 
 
359 aa  227  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.16312e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  45.97 
 
 
340 aa  227  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  46.98 
 
 
402 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  54.75 
 
 
311 aa  226  5e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  43.79 
 
 
366 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  44.32 
 
 
389 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  52.41 
 
 
387 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>