More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9515_02221 on replicon NC_008817
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9515



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  100 
 
 
320 aa  659    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  85.8 
 
 
319 aa  578  1e-164  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  86.75 
 
 
319 aa  579  1e-164  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  86.44 
 
 
319 aa  575  1.0000000000000001e-163  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  68.05 
 
 
339 aa  463  1e-129  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.56 
 
 
333 aa  456  1e-127  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  67.81 
 
 
326 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  67.81 
 
 
326 aa  452  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.56 
 
 
324 aa  451  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.04 
 
 
327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  51.86 
 
 
313 aa  311  1e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  52.56 
 
 
306 aa  306  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
313 aa  297  1e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.17 
 
 
312 aa  291  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  50.52 
 
 
304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  51.03 
 
 
305 aa  280  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.95 
 
 
323 aa  278  6e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  49.83 
 
 
304 aa  278  1e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
329 aa  275  6e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  49.66 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  50.68 
 
 
318 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  51.01 
 
 
318 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  49.66 
 
 
305 aa  269  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.98 
 
 
302 aa  268  8.999999999999999e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  48.64 
 
 
302 aa  267  1e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 
306 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.49 
 
 
303 aa  267  2e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.96 
 
 
302 aa  267  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.3 
 
 
302 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.3 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  48.3 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.3 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  48.62 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.3 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.3 
 
 
302 aa  264  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  47.96 
 
 
302 aa  265  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 
334 aa  264  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.24 
 
 
309 aa  265  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.74 
 
 
316 aa  262  4.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
304 aa  261  1e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.42 
 
 
301 aa  260  2e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.8 
 
 
296 aa  260  3e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  45.42 
 
 
314 aa  258  7e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.98 
 
 
303 aa  258  1e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 
331 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.23 
 
 
296 aa  253  4.0000000000000004e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.77 
 
 
326 aa  252  5.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  47.59 
 
 
305 aa  251  1e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  43.89 
 
 
315 aa  251  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 
303 aa  249  5e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  46.46 
 
 
306 aa  249  6e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  46.8 
 
 
306 aa  248  7e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
305 aa  246  3e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.02 
 
 
306 aa  246  4e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.19 
 
 
332 aa  245  8e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.83 
 
 
310 aa  245  9e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.76 
 
 
304 aa  245  9e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.33 
 
 
304 aa  242  7.999999999999999e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  44.18 
 
 
316 aa  241  9e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
305 aa  241  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
305 aa  241  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
308 aa  239  5e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
305 aa  238  1e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 
300 aa  237  2e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.14 
 
 
300 aa  236  3e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.48 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.79 
 
 
300 aa  233  3e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  43.4 
 
 
326 aa  232  5e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.4 
 
 
344 aa  232  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.64 
 
 
313 aa  231  9e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.37 
 
 
315 aa  231  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.82 
 
 
349 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 
334 aa  230  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.79 
 
 
321 aa  230  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  40.82 
 
 
349 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.15 
 
 
347 aa  229  6e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.2 
 
 
334 aa  228  7e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  42.2 
 
 
332 aa  228  9e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.03 
 
 
311 aa  228  9e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 
343 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  41.14 
 
 
323 aa  227  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  42.04 
 
 
377 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  37.8 
 
 
352 aa  226  3e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 
344 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  41.89 
 
 
314 aa  226  4e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 
311 aa  226  4e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.07 
 
 
356 aa  226  4e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.92 
 
 
321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
346 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.72 
 
 
325 aa  226  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.64 
 
 
335 aa  226  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.4 
 
 
345 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.39 
 
 
319 aa  225  7e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  38.87 
 
 
320 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  39.03 
 
 
343 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
343 aa  223  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.48 
 
 
336 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
342 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  43.04 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  39.94 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>