More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_28001 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  100 
 
 
324 aa  659    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  84.71 
 
 
333 aa  553  1e-156  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  80.82 
 
 
339 aa  544  1e-154  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  73.16 
 
 
326 aa  491  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  73.16 
 
 
326 aa  489  1e-137  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  73.52 
 
 
327 aa  471  1e-132  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.35 
 
 
319 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.56 
 
 
320 aa  451  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.35 
 
 
319 aa  452  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  66.35 
 
 
319 aa  451  1e-125  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  57.86 
 
 
313 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  56.27 
 
 
306 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.36 
 
 
312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.85 
 
 
313 aa  306  3e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  52.88 
 
 
329 aa  295  7e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.94 
 
 
316 aa  294  2e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  53.1 
 
 
306 aa  290  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  55.89 
 
 
318 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  55.89 
 
 
318 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  49.66 
 
 
305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  54.3 
 
 
309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.39 
 
 
302 aa  282  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.08 
 
 
302 aa  281  9e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 
302 aa  281  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.39 
 
 
302 aa  281  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 
302 aa  281  1e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.39 
 
 
302 aa  281  1e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.05 
 
 
302 aa  280  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.39 
 
 
302 aa  280  2e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.05 
 
 
302 aa  279  4e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.05 
 
 
302 aa  278  1e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  50.17 
 
 
304 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  50.52 
 
 
304 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
302 aa  275  6e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.44 
 
 
303 aa  275  7e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 
305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  49.15 
 
 
323 aa  270  2e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  46.58 
 
 
304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.51 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  48.77 
 
 
334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  48.14 
 
 
331 aa  264  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.39 
 
 
301 aa  260  2e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.14 
 
 
303 aa  258  1e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.71 
 
 
296 aa  257  2e-67  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.05 
 
 
296 aa  256  5e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  44.06 
 
 
326 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.86 
 
 
306 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.2 
 
 
305 aa  248  1e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.17 
 
 
306 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.27 
 
 
320 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  48.97 
 
 
310 aa  246  3e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.77 
 
 
303 aa  246  3e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.59 
 
 
315 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.55 
 
 
305 aa  245  6e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  43.71 
 
 
344 aa  245  6e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.49 
 
 
308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.58 
 
 
316 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
315 aa  243  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 
304 aa  243  3.9999999999999997e-63  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 
313 aa  242  7e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.81 
 
 
304 aa  241  7.999999999999999e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.35 
 
 
319 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.51 
 
 
313 aa  240  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  43.05 
 
 
305 aa  239  4e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  43.05 
 
 
305 aa  239  4e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  42.36 
 
 
306 aa  239  5e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
314 aa  239  5.999999999999999e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.98 
 
 
311 aa  238  8e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.05 
 
 
300 aa  238  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 
332 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  46.36 
 
 
322 aa  237  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.37 
 
 
334 aa  237  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.37 
 
 
347 aa  236  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 
300 aa  235  6e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  47.19 
 
 
332 aa  236  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.29 
 
 
311 aa  235  8e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  46.84 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.59 
 
 
335 aa  235  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.03 
 
 
325 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46.55 
 
 
327 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.25 
 
 
302 aa  233  3e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 
315 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
400 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.51 
 
 
402 aa  231  9e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.55 
 
 
322 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.28 
 
 
318 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  45.96 
 
 
334 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
407 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
405 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.18 
 
 
402 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
402 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45.36 
 
 
320 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  46.89 
 
 
346 aa  229  7e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
360 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.06 
 
 
356 aa  228  8e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 
314 aa  228  9e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.29 
 
 
337 aa  228  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  46.88 
 
 
342 aa  228  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  44 
 
 
376 aa  228  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>