More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_21571 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  100 
 
 		 336 aa  672    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  76.32 
 
 		 333 aa  483  1e-135  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  70.77 
 
 		 356 aa  461  1e-129  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.78 
 
 		 330 aa  431  1e-120  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  63.16 
 
 		 330 aa  429  1e-119  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  54.55 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.55 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  54.86 
 
 		 335 aa  376  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  53.54 
 
 		 335 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.93 
 
 		 337 aa  316  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  48.93 
 
 		 350 aa  312  4.999999999999999e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  50 
 
 		 334 aa  311  9e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.96 
 
 		 357 aa  309  4e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  48.18 
 
 		 351 aa  297  2e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.12 
 
 		 336 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.12 
 
 		 336 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  53.82 
 
 		 334 aa  245  6e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 		 322 aa  225  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  40.91 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.37 
 
 		 351 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.98 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.69 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 347 aa  217  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.97 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.32 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.32 
 
 		 317 aa  209  8e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  39.79 
 
 		 317 aa  208  9e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.53 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.2 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.28 
 
 		 328 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.24 
 
 		 328 aa  205  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.53 
 
 		 336 aa  205  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.54 
 
 		 326 aa  204  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.6 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.83 
 
 		 348 aa  204  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.47 
 
 		 327 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  39.02 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.79 
 
 		 362 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  42.58 
 
 		 329 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  36.01 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.46 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  38.15 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.45 
 
 		 347 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.62 
 
 		 334 aa  199  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.53 
 
 		 327 aa  199  7.999999999999999e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.6 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.56 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.41 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.99 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.84 
 
 		 333 aa  197  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.8 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.86 
 
 		 324 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.6 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.67 
 
 		 330 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.85 
 
 		 350 aa  196  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 		 346 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.22 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 		 326 aa  195  7e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 347 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.55 
 
 		 322 aa  195  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 		 327 aa  195  9e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.86 
 
 		 352 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.07 
 
 		 352 aa  194  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.12 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.59 
 
 		 325 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.18 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 		 357 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.65 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.65 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.96 
 
 		 358 aa  193  5e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.48 
 
 		 354 aa  192  8e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.21 
 
 		 346 aa  192  8e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.28 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.93 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.69 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  41.04 
 
 		 358 aa  191  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.37 
 
 		 328 aa  192  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.05 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 		 333 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.28 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.13 
 
 		 355 aa  190  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1835  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.75 
 
 		 349 aa  189  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.47 
 
 		 353 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.28 
 
 		 355 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>