More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_09301 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0735  putative pseudouridylate synthase  60.58 
 
 		 214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.102378  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1931  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  59.9 
 
 		 195 aa  221  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.176665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.65 
 
 		 217 aa  157  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.59 
 
 		 218 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  44 
 
 		 204 aa  153  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  41.38 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.69 
 
 		 217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.16 
 
 		 219 aa  152  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  44.17 
 
 		 217 aa  152  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  40.67 
 
 		 211 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 211 aa  148  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 211 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  42.58 
 
 		 211 aa  147  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 548 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  42.11 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.72 
 
 		 213 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.67 
 
 		 211 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  40.38 
 
 		 551 aa  145  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 215 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 211 aa  144  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  40.67 
 
 		 551 aa  143  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  38.39 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 211 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  37.07 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  41.15 
 
 		 211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  34.31 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  34.8 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  36.06 
 
 		 223 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  36.79 
 
 		 226 aa  138  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  40.93 
 
 		 245 aa  138  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 549 aa  138  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  36.76 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  36.76 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 219 aa  136  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  36.76 
 
 		 217 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 217 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  39.52 
 
 		 215 aa  135  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  41.12 
 
 		 222 aa  135  5e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 218 aa  134  8e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  38.74 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.8 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.32 
 
 		 300 aa  132  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  35.85 
 
 		 225 aa  132  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  40.76 
 
 		 233 aa  132  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42 
 
 		 436 aa  131  6e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 225 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 225 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  35.38 
 
 		 225 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.17 
 
 		 245 aa  131  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.8 
 
 		 300 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 226 aa  130  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.7 
 
 		 250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.39 
 
 		 250 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  35.58 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  35.58 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  40.85 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  39.9 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  35.58 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  38.39 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.8 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.59 
 
 		 368 aa  129  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.5 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  35.1 
 
 		 223 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  41.09 
 
 		 325 aa  128  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.44 
 
 		 307 aa  128  6e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  38.61 
 
 		 222 aa  127  9.000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  37.24 
 
 		 567 aa  127  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  33.97 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  38.61 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  38.21 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  33.97 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 217 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  36.89 
 
 		 217 aa  125  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  37.38 
 
 		 217 aa  125  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  36.41 
 
 		 216 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  35.1 
 
 		 561 aa  124  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.99 
 
 		 306 aa  124  9e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 570 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  34.76 
 
 		 238 aa  123  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  36.06 
 
 		 229 aa  123  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  39.19 
 
 		 339 aa  123  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 339 aa  122  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 329 aa  122  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  34.13 
 
 		 222 aa  122  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>