More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9211_18411 on replicon NC_009976
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9211



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  52.86 
 
 		 322 aa  323  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  50.67 
 
 		 311 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  48.67 
 
 		 311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  48.97 
 
 		 289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  47.24 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  46.9 
 
 		 285 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 286 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 286 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  45.73 
 
 		 286 aa  263  3e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 289 aa  249  4e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  43.54 
 
 		 298 aa  242  5e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  46.23 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  42 
 
 		 288 aa  232  6e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  41.44 
 
 		 288 aa  218  7e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 288 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.45 
 
 		 286 aa  179  4.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 286 aa  175  8e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  36.97 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 288 aa  166  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  36.52 
 
 		 278 aa  162  8.000000000000001e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.18 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.17 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.25 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  34.03 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 315 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 277 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  34.28 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.47 
 
 		 289 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.19 
 
 		 279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  32.99 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.64 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.69 
 
 		 279 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  31.51 
 
 		 279 aa  147  3e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  30.34 
 
 		 283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.29 
 
 		 277 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.56 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.48 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 277 aa  143  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.9 
 
 		 280 aa  143  4e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 268 aa  139  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 268 aa  139  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  31.9 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.03 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  30.48 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 269 aa  136  4e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  30.14 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 286 aa  136  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 277 aa  136  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 		 271 aa  136  5e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.01 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  29.23 
 
 		 283 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  31.31 
 
 		 286 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  31.01 
 
 		 613 aa  132  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  30.55 
 
 		 279 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  28.86 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  33.68 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  32.08 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 279 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.58 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  31.4 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>