More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9211_08961 on replicon NC_009976
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9211



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  100 
 
 		 427 aa  865    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  34.98 
 
 		 683 aa  276  7e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  36.09 
 
 		 674 aa  268  1e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  37.44 
 
 		 424 aa  256  4e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  34.34 
 
 		 676 aa  256  8e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  37.18 
 
 		 424 aa  252  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  35.06 
 
 		 686 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  31.8 
 
 		 671 aa  226  9e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  34.66 
 
 		 683 aa  219  6e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  33.57 
 
 		 670 aa  213  5.999999999999999e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  35.15 
 
 		 394 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  35.42 
 
 		 394 aa  208  2e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  32.14 
 
 		 671 aa  206  6e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  32.14 
 
 		 671 aa  206  7e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  33.26 
 
 		 674 aa  203  5e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  34.78 
 
 		 394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  33.58 
 
 		 676 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  33.79 
 
 		 394 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  31.82 
 
 		 645 aa  154  2e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  27.67 
 
 		 469 aa  142  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  26.45 
 
 		 689 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  29.04 
 
 		 602 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  28.54 
 
 		 659 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  28.04 
 
 		 666 aa  123  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  28.65 
 
 		 623 aa  121  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  26.25 
 
 		 750 aa  119  7e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09151  mitochondrial exoribonuclease Cyt-4, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01550)  28.16 
 
 		 1050 aa  112  9e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.361435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1604  RNAse R  25.71 
 
 		 535 aa  111  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0268007  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf396  VacB-like exoribonuclease II  29.09 
 
 		 718 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  24.87 
 
 		 705 aa  106  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.39 
 
 		 762 aa  105  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  27.2 
 
 		 795 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  27.14 
 
 		 795 aa  104  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1274  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  25.44 
 
 		 670 aa  103  4e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  24.56 
 
 		 680 aa  103  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0424  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.18 
 
 		 665 aa  103  6e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.18374  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  25.26 
 
 		 698 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  27.14 
 
 		 791 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  23.93 
 
 		 735 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  27.58 
 
 		 791 aa  100  5e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  23.62 
 
 		 646 aa  100  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  26.04 
 
 		 794 aa  99.8  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  27.61 
 
 		 770 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  29.09 
 
 		 825 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  25.87 
 
 		 709 aa  97.8  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  26.42 
 
 		 637 aa  97.4  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  26.25 
 
 		 698 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  24.51 
 
 		 795 aa  97.1  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  24.87 
 
 		 698 aa  97.1  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  28.48 
 
 		 680 aa  96.7  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  27.88 
 
 		 751 aa  96.3  9e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43677  predicted protein  25.62 
 
 		 813 aa  95.9  1e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  23.96 
 
 		 698 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  27.27 
 
 		 656 aa  94.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  27.63 
 
 		 751 aa  94.7  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  25.62 
 
 		 701 aa  94.7  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  25.99 
 
 		 829 aa  94.7  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  25.2 
 
 		 693 aa  94  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1009  Exoribonuclease II  27.19 
 
 		 581 aa  94  4e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0967775  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  26.19 
 
 		 857 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  26.19 
 
 		 857 aa  93.2  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  24.37 
 
 		 817 aa  93.2  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  26.59 
 
 		 749 aa  93.2  8e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  24.55 
 
 		 735 aa  93.2  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  25.89 
 
 		 857 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  25.6 
 
 		 757 aa  92  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  24.09 
 
 		 774 aa  92  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09080  VacB/RNase II-like 3'-5' exoribonuclease  22.79 
 
 		 670 aa  91.3  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.132674 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  25.75 
 
 		 808 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  25.45 
 
 		 808 aa  90.9  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  25.67 
 
 		 877 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  25.45 
 
 		 808 aa  90.9  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3965  ribonuclease R  25.41 
 
 		 827 aa  90.9  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.120955  normal  0.449748 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  25.73 
 
 		 877 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  25.75 
 
 		 810 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  26.41 
 
 		 876 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  25.6 
 
 		 859 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  25.82 
 
 		 812 aa  90.5  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  27.44 
 
 		 705 aa  90.5  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  25.75 
 
 		 804 aa  90.5  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4583  Exoribonuclease II  26.73 
 
 		 601 aa  90.5  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  26.44 
 
 		 722 aa  90.1  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  25.61 
 
 		 842 aa  90.1  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  25.38 
 
 		 824 aa  90.1  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  25.75 
 
 		 806 aa  90.5  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  25.75 
 
 		 806 aa  90.1  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  26.43 
 
 		 758 aa  90.1  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  25.52 
 
 		 814 aa  89.7  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  25.45 
 
 		 806 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.21 
 
 		 619 aa  89.4  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  24.85 
 
 		 709 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  25 
 
 		 694 aa  89.4  1e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  25.14 
 
 		 701 aa  89.4  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  25.66 
 
 		 702 aa  88.6  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  25 
 
 		 833 aa  88.6  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  23.65 
 
 		 696 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  25.47 
 
 		 754 aa  89  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  25.21 
 
 		 617 aa  87.8  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  27.08 
 
 		 810 aa  88.2  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  26.18 
 
 		 748 aa  87.8  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>