More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3875 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
384 aa  786    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  50.99 
 
 
378 aa  368  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  41.21 
 
 
352 aa  248  1e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  36.68 
 
 
342 aa  149  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.97 
 
 
347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.87 
 
 
370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  34.19 
 
 
312 aa  143  6e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  37.04 
 
 
331 aa  143  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.87 
 
 
351 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.93 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.39 
 
 
347 aa  139  6e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  33.87 
 
 
341 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  33.88 
 
 
341 aa  137  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.92 
 
 
308 aa  136  7.000000000000001e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  36.68 
 
 
333 aa  135  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.48 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.48 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.37 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.56 
 
 
354 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.96 
 
 
358 aa  133  6e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.21 
 
 
347 aa  132  9e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.7 
 
 
321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30 
 
 
324 aa  130  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  32.13 
 
 
346 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.75 
 
 
306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.66 
 
 
354 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  30.18 
 
 
362 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.26 
 
 
326 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
358 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.84 
 
 
333 aa  126  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.16 
 
 
308 aa  125  9e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.05 
 
 
348 aa  125  1e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.33 
 
 
318 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  29.13 
 
 
305 aa  125  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  36.16 
 
 
352 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  30.43 
 
 
349 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 
355 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.8 
 
 
355 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.8 
 
 
355 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 
355 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 
355 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 
355 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  35.39 
 
 
354 aa  124  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  34.57 
 
 
355 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  32.94 
 
 
330 aa  123  6e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.85 
 
 
334 aa  123  6e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.43 
 
 
345 aa  123  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  29.94 
 
 
340 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  31.58 
 
 
327 aa  122  9e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  28.29 
 
 
329 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  31.44 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.88 
 
 
326 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.39 
 
 
354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  31.5 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.65 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  30.08 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.54 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  30.67 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.32 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3131  nifR3 family TIM-barrel protein  35.74 
 
 
341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187121  normal  0.248814 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  30.63 
 
 
347 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.56 
 
 
327 aa  120  3e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.43 
 
 
329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  28.05 
 
 
344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.06 
 
 
347 aa  120  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  30.8 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  30.8 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  31.6 
 
 
307 aa  120  6e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.55 
 
 
342 aa  120  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 
349 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  30.26 
 
 
340 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.92 
 
 
321 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  29.36 
 
 
325 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  32.19 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.64 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  27.54 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  35.94 
 
 
341 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  33.74 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  33.47 
 
 
356 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.98 
 
 
357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.38 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.96 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0079  hypothetical protein  33.76 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0077  hypothetical protein  33.76 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0382  hypothetical protein  31.65 
 
 
329 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00282008  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.71 
 
 
332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.26 
 
 
330 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
356 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0314  dihydrouridine synthase DuS  31.65 
 
 
329 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.67 
 
 
319 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4937  probable tRNA-dihydrouridine synthase 2  31.22 
 
 
329 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00645235  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.27 
 
 
335 aa  116  7.999999999999999e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  31.47 
 
 
332 aa  116  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>