More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3720 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
186 aa  384  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50.86 
 
 
203 aa  176  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.71 
 
 
193 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
195 aa  87  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  34.53 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  36.64 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  34.67 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.67 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  34.67 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  34.67 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  34.67 
 
 
173 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  31.82 
 
 
185 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  35.97 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
214 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.09 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.66 
 
 
169 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  32.41 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.58 
 
 
171 aa  72  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  32.39 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.48 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34.48 
 
 
180 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  31.21 
 
 
151 aa  71.6  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
165 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.19 
 
 
374 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.19 
 
 
374 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
158 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  30.34 
 
 
158 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.71 
 
 
188 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  34.96 
 
 
159 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.33 
 
 
374 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.51 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  29.5 
 
 
189 aa  67.8  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.64 
 
 
198 aa  67.8  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  25.55 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  28.17 
 
 
182 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.03 
 
 
160 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  30.47 
 
 
183 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32.54 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.61 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.72 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 
189 aa  65.1  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1020  RNA polymerase sigma factor  32.28 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  29.58 
 
 
171 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.63 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2816  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  26.71 
 
 
192 aa  63.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0479904  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.08 
 
 
184 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.2 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
171 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.58 
 
 
196 aa  63.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  30.06 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5187  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
172 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.879511  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0937  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.45 
 
 
206 aa  63.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.25 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  28.67 
 
 
158 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.77 
 
 
171 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.49 
 
 
190 aa  62  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.09 
 
 
170 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.55 
 
 
195 aa  62.4  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2429  transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 
196 aa  62.4  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.17 
 
 
175 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1013  RNA polymerase sigma factor  28.46 
 
 
161 aa  62  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0372577  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0253  RNA polymerase sigma-70 factor  28.15 
 
 
202 aa  62  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.83737  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1226  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.69 
 
 
155 aa  62  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.670431  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  29.76 
 
 
172 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1035  RNA polymerase sigma factor  30.08 
 
 
161 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000122565  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1113  RNA polymerase sigma factor  30.08 
 
 
161 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
170 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3981  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.78 
 
 
202 aa  61.6  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0111085  normal  0.707125 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
277 aa  61.6  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  29.8 
 
 
187 aa  61.2  0.000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.58 
 
 
173 aa  61.6  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.1 
 
 
175 aa  61.2  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.34 
 
 
222 aa  61.2  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  30.72 
 
 
176 aa  61.2  0.000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.68 
 
 
170 aa  60.8  0.000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0277  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 
172 aa  61.2  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.207447  normal  0.83645 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1215  RNA polymerase sigma factor  28.78 
 
 
161 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1587  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.14 
 
 
199 aa  60.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.387563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  34.85 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.59 
 
 
181 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1270  RNA polymerase sigma factor  30.08 
 
 
161 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.125733  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.28 
 
 
163 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.13 
 
 
159 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.813832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.3 
 
 
173 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.29 
 
 
169 aa  60.1  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  26.12 
 
 
168 aa  59.7  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  31.82 
 
 
166 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7229  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.35 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  28.92 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  28.67 
 
 
179 aa  59.3  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.19 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.41 
 
 
165 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  28.14 
 
 
172 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>