More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2860 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  100 
 
 		 557 aa  1124    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  58.09 
 
 		 562 aa  655    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  52.3 
 
 		 570 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  47.12 
 
 		 573 aa  545  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  47.96 
 
 		 596 aa  545  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  49.81 
 
 		 597 aa  529  1e-149  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  47.19 
 
 		 584 aa  529  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  47.19 
 
 		 584 aa  530  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  46.46 
 
 		 584 aa  525  1e-148  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  47.28 
 
 		 568 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  47.28 
 
 		 568 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  47.48 
 
 		 578 aa  522  1e-147  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  47.28 
 
 		 568 aa  523  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  48.49 
 
 		 574 aa  521  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  45.31 
 
 		 577 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  47.21 
 
 		 577 aa  512  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  46.63 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  46.86 
 
 		 604 aa  509  1e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  45.12 
 
 		 593 aa  510  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  46.82 
 
 		 586 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  46.95 
 
 		 608 aa  506  9.999999999999999e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  46.44 
 
 		 575 aa  499  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  43.32 
 
 		 609 aa  499  1e-140  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  45.88 
 
 		 579 aa  499  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 570 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  47.58 
 
 		 573 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  43.14 
 
 		 564 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 564 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  40.93 
 
 		 556 aa  465  1e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  41.41 
 
 		 560 aa  460  9.999999999999999e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  43.96 
 
 		 720 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  42.24 
 
 		 562 aa  456  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  42.42 
 
 		 562 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  41.89 
 
 		 558 aa  457  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  43.03 
 
 		 644 aa  458  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  43.52 
 
 		 570 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  43.49 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 576 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  43.52 
 
 		 570 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  43.49 
 
 		 576 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 576 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  43.49 
 
 		 576 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  43.12 
 
 		 589 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 		 570 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  42.42 
 
 		 562 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  43.12 
 
 		 577 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 591 aa  449  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  41.28 
 
 		 561 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  43.3 
 
 		 561 aa  446  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  40.07 
 
 		 569 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  40.07 
 
 		 569 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  43.12 
 
 		 571 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  40.26 
 
 		 586 aa  443  1e-123  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  40.3 
 
 		 599 aa  445  1e-123  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  39.93 
 
 		 555 aa  443  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  41.25 
 
 		 592 aa  442  1e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  41.7 
 
 		 573 aa  444  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  39.46 
 
 		 560 aa  442  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  41.31 
 
 		 560 aa  442  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  42.04 
 
 		 561 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 		 562 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  42.56 
 
 		 559 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  40.75 
 
 		 561 aa  444  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  41.26 
 
 		 588 aa  443  1e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  42.02 
 
 		 555 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  41.14 
 
 		 567 aa  440  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  41.98 
 
 		 557 aa  441  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1566  30S ribosomal protein S1  42.3 
 
 		 566 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  42.4 
 
 		 555 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  43.5 
 
 		 595 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  41.96 
 
 		 555 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  41.98 
 
 		 562 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  43.28 
 
 		 561 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  42.44 
 
 		 571 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 558 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  40.32 
 
 		 558 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  40.32 
 
 		 558 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 562 aa  436  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  41.86 
 
 		 555 aa  435  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 558 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  41.8 
 
 		 557 aa  438  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  0.0000000365743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  39.93 
 
 		 568 aa  438  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 		 559 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  45.71 
 
 		 598 aa  436  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  42.75 
 
 		 561 aa  438  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  40.75 
 
 		 592 aa  438  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  41.62 
 
 		 559 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  41.89 
 
 		 555 aa  438  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  40.87 
 
 		 591 aa  438  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  39.93 
 
 		 568 aa  438  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  42.46 
 
 		 557 aa  432  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  41.86 
 
 		 555 aa  434  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  42.46 
 
 		 557 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>