More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2663 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_2663  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  100 
 
 
833 aa  1681    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.48 
 
 
763 aa  368  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  35.28 
 
 
706 aa  365  2e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  35.64 
 
 
710 aa  360  7e-98  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  35.5 
 
 
710 aa  359  9e-98  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  33.78 
 
 
762 aa  359  9.999999999999999e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  32.94 
 
 
709 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  34.37 
 
 
758 aa  354  4e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.47 
 
 
720 aa  352  1e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  34.95 
 
 
715 aa  352  2e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  34.8 
 
 
716 aa  352  2e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  33.68 
 
 
766 aa  348  3e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2449  ribonuclease R  33.24 
 
 
808 aa  347  4e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.162395  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  34.85 
 
 
706 aa  347  7e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  34.21 
 
 
759 aa  343  1e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  35.47 
 
 
857 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  38.01 
 
 
751 aa  341  2.9999999999999998e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  32.02 
 
 
704 aa  340  9e-92  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.32 
 
 
859 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0915  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.86 
 
 
756 aa  338  2.9999999999999997e-91  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.63 
 
 
857 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.18 
 
 
857 aa  337  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  34.46 
 
 
752 aa  335  2e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  35.15 
 
 
828 aa  333  6e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  32.79 
 
 
742 aa  332  1e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  32.5 
 
 
788 aa  333  1e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  34.13 
 
 
795 aa  332  2e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  31.86 
 
 
814 aa  331  3e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  32.31 
 
 
709 aa  331  4e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  32.06 
 
 
737 aa  330  5.0000000000000004e-89  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  32.8 
 
 
750 aa  330  6e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.48 
 
 
763 aa  330  8e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  31.71 
 
 
812 aa  330  9e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  35.53 
 
 
863 aa  329  1.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  35.03 
 
 
705 aa  329  1.0000000000000001e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  34.47 
 
 
777 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  31.71 
 
 
810 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  31.71 
 
 
806 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  31.71 
 
 
808 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  31.71 
 
 
804 aa  328  3e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  34.01 
 
 
770 aa  328  3e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  33.09 
 
 
825 aa  327  4.0000000000000003e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  31.56 
 
 
806 aa  327  5e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  32.55 
 
 
757 aa  327  6e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  31.56 
 
 
808 aa  327  7e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  31.56 
 
 
808 aa  327  7e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  31.61 
 
 
792 aa  326  1e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  31.66 
 
 
806 aa  326  1e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  35.29 
 
 
907 aa  326  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  31.36 
 
 
801 aa  325  2e-87  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  33.81 
 
 
876 aa  325  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  35.29 
 
 
906 aa  325  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  34.49 
 
 
1182 aa  324  4e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  32.83 
 
 
702 aa  322  1.9999999999999998e-86  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  32.77 
 
 
718 aa  320  5e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  31.27 
 
 
792 aa  319  1e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  318  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  32.56 
 
 
813 aa  318  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  32.56 
 
 
813 aa  318  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  33.09 
 
 
877 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  317  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  33.85 
 
 
737 aa  317  6e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  317  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  317  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  317  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  32.56 
 
 
813 aa  317  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  32.84 
 
 
758 aa  317  7e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.41 
 
 
813 aa  316  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32.28 
 
 
833 aa  315  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  33.53 
 
 
903 aa  315  1.9999999999999998e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  32.81 
 
 
877 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  31.53 
 
 
791 aa  315  2.9999999999999996e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  34.26 
 
 
842 aa  315  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  33.18 
 
 
810 aa  314  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  35.85 
 
 
755 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  32.61 
 
 
812 aa  313  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  32.46 
 
 
812 aa  313  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  32.46 
 
 
812 aa  313  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  32.46 
 
 
812 aa  313  9e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  33.8 
 
 
737 aa  313  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  32.46 
 
 
1055 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  34.05 
 
 
861 aa  311  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03430  putative exoribonuclease  30.86 
 
 
735 aa  310  5e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  32.3 
 
 
812 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.79 
 
 
735 aa  310  5.9999999999999995e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  32.72 
 
 
844 aa  310  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  32.72 
 
 
844 aa  310  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  32.72 
 
 
844 aa  310  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1017  ribonuclease R  31.56 
 
 
726 aa  308  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  33.28 
 
 
805 aa  309  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  34.26 
 
 
815 aa  309  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  33.09 
 
 
722 aa  308  3e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  32.27 
 
 
937 aa  308  3e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  32.15 
 
 
726 aa  308  4.0000000000000004e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  32.15 
 
 
726 aa  307  4.0000000000000004e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  32.27 
 
 
801 aa  307  4.0000000000000004e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  31.68 
 
 
824 aa  308  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0821  ribonuclease R  31.56 
 
 
790 aa  307  5.0000000000000004e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  32.41 
 
 
822 aa  307  5.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  32.34 
 
 
821 aa  307  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>