More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1841 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  100 
 
 
216 aa  431  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  60.65 
 
 
235 aa  244  6e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  52.8 
 
 
220 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  51.87 
 
 
221 aa  204  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.69 
 
 
224 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 
225 aa  201  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 
223 aa  201  6e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 
224 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  50.46 
 
 
223 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  50 
 
 
224 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  50 
 
 
257 aa  198  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 
224 aa  198  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 
225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  48.15 
 
 
224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  47.25 
 
 
231 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 
223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  48.15 
 
 
230 aa  195  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.17 
 
 
221 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 
225 aa  193  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.39 
 
 
236 aa  192  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  46.73 
 
 
223 aa  192  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 
225 aa  193  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  47.03 
 
 
221 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  49.53 
 
 
222 aa  193  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  48.61 
 
 
225 aa  193  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 
227 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 
221 aa  192  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 
223 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.15 
 
 
225 aa  192  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  47.2 
 
 
229 aa  191  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  47.2 
 
 
229 aa  191  8e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
227 aa  191  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 
240 aa  190  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 
221 aa  190  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  45.16 
 
 
219 aa  190  1e-47  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  47.71 
 
 
224 aa  190  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
227 aa  190  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 
231 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 
225 aa  189  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 
225 aa  189  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 
225 aa  188  4e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  47.03 
 
 
224 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 
227 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  46.76 
 
 
221 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.41 
 
 
230 aa  187  8e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.12 
 
 
223 aa  187  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 
231 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.66 
 
 
223 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.95 
 
 
227 aa  187  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
223 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.49 
 
 
225 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
228 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
227 aa  185  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.49 
 
 
225 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
228 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
227 aa  184  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  44.34 
 
 
223 aa  184  9e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  45.91 
 
 
224 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.03 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.12 
 
 
223 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 
228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.12 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.4 
 
 
225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  45.21 
 
 
229 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 
229 aa  182  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.58 
 
 
225 aa  182  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.4 
 
 
225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.4 
 
 
225 aa  182  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 
222 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  45.21 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  46.26 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.76 
 
 
222 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.66 
 
 
223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.21 
 
 
223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.75 
 
 
223 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  43.46 
 
 
219 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.66 
 
 
223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  44.39 
 
 
219 aa  181  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.47 
 
 
223 aa  181  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.33 
 
 
222 aa  181  7e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  45.16 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 
225 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.21 
 
 
225 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  42.99 
 
 
219 aa  180  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  48.85 
 
 
220 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.3 
 
 
224 aa  179  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.3 
 
 
221 aa  179  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  46.3 
 
 
221 aa  179  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  42.73 
 
 
224 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  47 
 
 
220 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
229 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3722  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.79 
 
 
223 aa  179  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
228 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 
283 aa  179  4e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 
228 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4389  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 
226 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>