More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1407 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 265 aa  529  1e-149  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 222 aa  202  4e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 227 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  45.65 
 
 		 240 aa  201  7e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  48.86 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 283 aa  196  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  42.53 
 
 		 223 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 224 aa  193  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3412  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.75 
 
 		 226 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0705  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.44 
 
 		 244 aa  192  5e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591946 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  42.99 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1596  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.99 
 
 		 238 aa  191  8e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 224 aa  191  9e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  42.99 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  44.5 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  40.91 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.34 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 224 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 231 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.61 
 
 		 227 aa  189  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.05 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.75 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.75 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.75 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 223 aa  188  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 226 aa  188  8e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  40.62 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0702  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.54 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.149482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  43.44 
 
 		 227 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  46.72 
 
 		 237 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 229 aa  186  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.45 
 
 		 242 aa  186  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 224 aa  186  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 228 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  45.5 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  44.8 
 
 		 228 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  42.53 
 
 		 227 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.53 
 
 		 227 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2599  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 232 aa  185  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  42.53 
 
 		 227 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3502  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.51 
 
 		 232 aa  185  7e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.53 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  46.36 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.53 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.53 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.53 
 
 		 227 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.34 
 
 		 226 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  45 
 
 		 223 aa  184  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  42.53 
 
 		 219 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 223 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1330  response regulator receiver  44.75 
 
 		 219 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.01 
 
 		 258 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.25 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 233 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 221 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  43.75 
 
 		 230 aa  183  3e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 235 aa  183  3e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6111  regulator protein CopR  46.15 
 
 		 228 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110686  normal  0.158568 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1948  response regulator receiver domain-containing protein  43.44 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  45.05 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 219 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  44.09 
 
 		 224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 228 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.53 
 
 		 225 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 220 aa  181  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  43.05 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.21 
 
 		 219 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  42.53 
 
 		 219 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.18 
 
 		 219 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.18 
 
 		 219 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.27 
 
 		 238 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.18 
 
 		 219 aa  180  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  42.53 
 
 		 219 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  42.53 
 
 		 219 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.7 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>