More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1273 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  61.9 
 
 
258 aa  315  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
255 aa  309  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.57 
 
 
256 aa  303  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  56.08 
 
 
263 aa  301  9e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  56.35 
 
 
256 aa  295  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
272 aa  294  8e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  56.81 
 
 
257 aa  292  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  57.37 
 
 
255 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0222  gluconate 5-dehydrogenase  53.75 
 
 
254 aa  290  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04132  gluconate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 
254 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.96 
 
 
254 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4522  gluconate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 
254 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0305607  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04096  hypothetical protein  52.96 
 
 
254 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4747  gluconate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 
254 aa  289  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4831  gluconate 5-dehydrogenase  52.57 
 
 
254 aa  288  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4887  gluconate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 
254 aa  288  9e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.851377  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4768  gluconate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 
254 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.136475  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4738  gluconate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 
254 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.120281 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
254 aa  286  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4868  gluconate 5-dehydrogenase  51.78 
 
 
254 aa  285  4e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.113188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
257 aa  285  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
261 aa  283  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  53.36 
 
 
254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
256 aa  282  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  53.57 
 
 
254 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1576  gluconate 5-dehydrogenase  52.96 
 
 
289 aa  279  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1800  gluconate 5-dehydrogenase  52.57 
 
 
254 aa  278  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.69698  normal  0.0411543 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1470  gluconate 5-dehydrogenase  52.57 
 
 
254 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  53.12 
 
 
264 aa  277  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000161447 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  52.78 
 
 
254 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
256 aa  274  8e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.76 
 
 
255 aa  272  4.0000000000000004e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  56.57 
 
 
251 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  53.15 
 
 
255 aa  271  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.7 
 
 
257 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
257 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
257 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
257 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
269 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
255 aa  262  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.808003  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
255 aa  261  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.18 
 
 
256 aa  261  6e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  49.8 
 
 
263 aa  261  8e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.3 
 
 
255 aa  261  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  50 
 
 
265 aa  259  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.35 
 
 
253 aa  258  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  50 
 
 
262 aa  256  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  54.33 
 
 
252 aa  256  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5798  gluconate 5-dehydrogenase  54.33 
 
 
251 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475551  hitchhiker  0.00243591 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  47.66 
 
 
270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
265 aa  236  3e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7371  short-chain alcohol dehydrogenase  51.38 
 
 
254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
260 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.78 
 
 
258 aa  208  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  45.82 
 
 
254 aa  204  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.6 
 
 
255 aa  204  9e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
254 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
259 aa  202  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
270 aa  198  7.999999999999999e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.15 
 
 
251 aa  195  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  46.69 
 
 
261 aa  195  6e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
254 aa  194  8.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  47.18 
 
 
251 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.05 
 
 
251 aa  194  1e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.51 
 
 
247 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
257 aa  193  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.92 
 
 
255 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
274 aa  192  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0468  gluconate 5-dehydrogenase  43.43 
 
 
251 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.175213  normal  0.323536 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
255 aa  192  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.4 
 
 
255 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
257 aa  191  8e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
261 aa  191  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.919564  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 
256 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
257 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02618  predicted deoxygluconate dehydrogenase  41.25 
 
 
261 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02581  hypothetical protein  41.25 
 
 
261 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4030  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  40.86 
 
 
261 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.721493  normal  0.432125 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5878  gluconate 5-dehydrogenase  45.34 
 
 
259 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854497  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3075  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.25 
 
 
261 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2913  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.86 
 
 
261 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.12178  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.67 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6604  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.37 
 
 
251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248172 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.8 
 
 
256 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.97 
 
 
253 aa  188  9e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.53 
 
 
252 aa  187  1e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2747  gluconate 5-dehydrogenase  44.09 
 
 
253 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.583516  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.88 
 
 
251 aa  187  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.08 
 
 
261 aa  187  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
252 aa  186  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
261 aa  186  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  40.96 
 
 
258 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
256 aa  185  8e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  43.58 
 
 
253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.37 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
255 aa  182  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>