More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3043 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0725  TonB-dependent receptor protein  70.36 
 
 
633 aa  851    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.321904  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2881  TonB-dependent siderophore receptor  67.38 
 
 
821 aa  1061    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.196032  normal  0.431289 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3043  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
819 aa  1669    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.635062  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1976  TonB-dependent siderophore receptor  41.78 
 
 
829 aa  605  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.935502  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  41.41 
 
 
829 aa  580  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  39.97 
 
 
778 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  41.03 
 
 
833 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2395  TonB-dependent siderophore receptor  41.18 
 
 
812 aa  543  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  38.27 
 
 
863 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2861  ferrichrome-iron receptor  39.65 
 
 
808 aa  519  1e-146  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  39.65 
 
 
806 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3979  ferrichrome outer membrane transporter  41.42 
 
 
729 aa  522  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2920  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor signal peptide protein  40.18 
 
 
801 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1338  TonB-dependent siderophore receptor  39.98 
 
 
815 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  39.17 
 
 
799 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  39.09 
 
 
799 aa  504  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3502  TonB-dependent siderophore receptor  41.41 
 
 
771 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  39.57 
 
 
729 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2082  TonB-dependent siderophore receptor  40.88 
 
 
771 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.340788  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2776  TonB-dependent siderophore receptor  38.41 
 
 
817 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.265415  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  36.65 
 
 
828 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  42.41 
 
 
769 aa  476  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  37.15 
 
 
797 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6866  TonB-dependent siderophore receptor  40.59 
 
 
748 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  36.75 
 
 
806 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3270  TonB-dependent siderophore receptor  37.64 
 
 
831 aa  465  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0050464 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1367  TonB-dependent siderophore receptor  39.8 
 
 
745 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0632202  normal  0.0485131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0227  ferrichrome outer membrane transporter  39.37 
 
 
747 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.71013  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2415  TonB-dependent siderophore receptor  39.76 
 
 
738 aa  457  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0592424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  40.78 
 
 
719 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2091  TonB-dependent siderophore receptor  38.98 
 
 
737 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.552144  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1945  ferric malleobactin transporter  38.98 
 
 
753 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0342742  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0121  TonB-dependent siderophore receptor  35.4 
 
 
797 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4121  TonB-dependent siderophore receptor  37.82 
 
 
791 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1930  ferric malleobactin transporter  38.98 
 
 
753 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00149  ferrichrome outer membrane transporter  38.99 
 
 
747 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.145506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2675  TonB-dependent siderophore receptor  35.91 
 
 
802 aa  451  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0876  TonB-dependent siderophore receptor  38.9 
 
 
736 aa  452  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.195373  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1178  TonB-dependent siderophore receptor  38.9 
 
 
741 aa  452  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0776508  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0224  ferrichrome outer membrane transporter  39.51 
 
 
747 aa  452  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.969953  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  39.08 
 
 
729 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4273  TonB-dependent receptor protein  37.7 
 
 
791 aa  452  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.12812  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0160  ferrichrome outer membrane transporter  39.13 
 
 
747 aa  450  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0285  TonB-dependent siderophore receptor  38.9 
 
 
752 aa  452  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0472595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1622  TonB-dependent siderophore receptor  38.9 
 
 
736 aa  452  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  39.3 
 
 
703 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  38.16 
 
 
752 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3509  ferrichrome outer membrane transporter  38.99 
 
 
747 aa  449  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0167136  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00148  hypothetical protein  38.73 
 
 
745 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140481  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0885  TonB-dependent siderophore receptor  37.56 
 
 
794 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  39.16 
 
 
729 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0690  ferrichrome outer membrane transporter  38.66 
 
 
747 aa  449  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  38.91 
 
 
729 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  39.3 
 
 
703 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  35.64 
 
 
808 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  37.8 
 
 
735 aa  443  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0179  TonB-dependent siderophore receptor  34.04 
 
 
828 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.267617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3613  TonB-dependent siderophore receptor  39.27 
 
 
789 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.187378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  35.79 
 
 
810 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1644  TonB-dependent siderophore receptor  41.08 
 
 
745 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  37 
 
 
779 aa  439  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3452  TonB-dependent siderophore receptor  38.99 
 
 
747 aa  435  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.380409  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0160  TonB-dependent siderophore receptor  34.42 
 
 
828 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  hitchhiker  0.000124393 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0155  ferrichrome outer membrane transporter  38.99 
 
 
747 aa  435  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 
794 aa  435  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3728  TonB-dependent siderophore receptor  38.84 
 
 
733 aa  433  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0317837  normal  0.454435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  34.64 
 
 
810 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3741  TonB-dependent siderophore receptor  39.43 
 
 
723 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.433802  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  35.59 
 
 
810 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  34.98 
 
 
810 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1594  TonB-dependent siderophore receptor  39.2 
 
 
734 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000849595  hitchhiker  0.00416618 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1499  TonB-dependent siderophore receptor  38.22 
 
 
747 aa  430  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4075  TonB-dependent siderophore receptor  38.32 
 
 
745 aa  432  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  38.1 
 
 
717 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1079  TonB-dependent siderophore receptor  38.62 
 
 
714 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.181404  normal  0.689217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0178  TonB-dependent siderophore receptor  32.84 
 
 
828 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 
820 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  35.71 
 
 
797 aa  425  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0683  TonB-dependent siderophore receptor  38.69 
 
 
728 aa  425  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0344523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3895  TonB-dependent siderophore receptor  38.32 
 
 
753 aa  426  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495237  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22630  TonB-dependent siderophore receptor protein  35.09 
 
 
799 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0672  TonB-dependent siderophore receptor  38.25 
 
 
728 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264811  normal  0.669281 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1541  TonB-dependent siderophore receptor  38.26 
 
 
750 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0957373  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1562  TonB-dependent siderophore receptor  38.4 
 
 
753 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000416689  normal  0.182143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4602  TonB-dependent siderophore receptor  37.37 
 
 
784 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7174  TonB-dependent siderophore receptor  37.86 
 
 
729 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.229498 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3324  TonB-dependent siderophore receptor  37.82 
 
 
745 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.177313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0945  TonB-dependent siderophore receptor  38.37 
 
 
717 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2399  TonB-dependent siderophore receptor  37.5 
 
 
729 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.380948 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2140  ferrichrome receptor precursor protein  36.9 
 
 
740 aa  416  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.262117  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0646  TonB-dependent siderophore receptor  38.26 
 
 
665 aa  416  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123915  normal  0.553141 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2374  TonB-dependent siderophore receptor  35.45 
 
 
822 aa  415  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.18637  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2867  TonB-dependent siderophore receptor  37.55 
 
 
733 aa  416  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0132982  normal  0.0165927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1164  TonB-dependent siderophore receptor  37.66 
 
 
754 aa  416  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0408687  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1122  TonB-dependent siderophore receptor  36.74 
 
 
701 aa  416  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625422  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1644  TonB-dependent siderophore receptor  37.66 
 
 
754 aa  416  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.107171  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1619  TonB-dependent siderophore receptor  37.57 
 
 
754 aa  416  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00285071 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1027  TonB-dependent siderophore receptor  38.23 
 
 
717 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.424895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3272  TonB-dependent siderophore receptor  37.93 
 
 
750 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.46801  normal  0.424622 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5955  TonB-dependent siderophore receptor  34.65 
 
 
877 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0124539 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>