More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2781 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 173 aa  345  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  86.05 
 
 		 173 aa  300  6.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  71.51 
 
 		 198 aa  255  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  71.26 
 
 		 176 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  70.06 
 
 		 176 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  69.05 
 
 		 182 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  67.07 
 
 		 176 aa  237  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  52.12 
 
 		 167 aa  164  6.9999999999999995e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  51.81 
 
 		 169 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  48.78 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  52.41 
 
 		 169 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  50.62 
 
 		 169 aa  157  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  46.75 
 
 		 187 aa  154  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  48.84 
 
 		 212 aa  153  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.38 
 
 		 199 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  49.7 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  47.9 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  48.5 
 
 		 223 aa  141  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  50.3 
 
 		 204 aa  141  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  47.9 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  44.94 
 
 		 189 aa  138  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  47.16 
 
 		 231 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 		 200 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  135  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  49.4 
 
 		 176 aa  135  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.24 
 
 		 201 aa  134  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  46.86 
 
 		 221 aa  134  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  45.96 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  40.49 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.65 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  44.03 
 
 		 189 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  38.18 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 		 173 aa  114  6e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  43.29 
 
 		 206 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 		 175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 191 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  43.04 
 
 		 166 aa  105  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.5 
 
 		 163 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 		 179 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 179 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 182 aa  95.5  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 		 172 aa  95.5  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 		 171 aa  95.1  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  41.26 
 
 		 157 aa  94.4  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 		 178 aa  94.4  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 178 aa  94  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.22 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  32.7 
 
 		 160 aa  93.2  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 		 188 aa  93.2  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  28.75 
 
 		 176 aa  93.2  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 		 172 aa  92  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 176 aa  91.7  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 		 170 aa  91.3  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.78 
 
 		 189 aa  91.3  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  38.89 
 
 		 170 aa  90.9  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 175 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  39.08 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 175 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.71 
 
 		 180 aa  89  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  33.97 
 
 		 175 aa  89  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  30.49 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.21 
 
 		 199 aa  88.2  5e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 		 173 aa  87.4  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 		 187 aa  86.3  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.1 
 
 		 169 aa  86.3  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.88 
 
 		 167 aa  86.3  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 189 aa  85.5  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 		 187 aa  85.5  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  32.74 
 
 		 163 aa  85.1  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.83 
 
 		 176 aa  84.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  38.51 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  31.55 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  36.9 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.71 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.57 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 178 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  36.08 
 
 		 177 aa  82.4  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.22 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.11 
 
 		 177 aa  82  0.000000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  29.27 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  29.52 
 
 		 175 aa  81.3  0.000000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  24.12 
 
 		 178 aa  81.3  0.000000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 		 171 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>