More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1429 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  78.24 
 
 
435 aa  695    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  100 
 
 
429 aa  864    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  76.81 
 
 
429 aa  655    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  75.64 
 
 
432 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  74.71 
 
 
429 aa  652    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  84.51 
 
 
429 aa  729    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  76.2 
 
 
431 aa  650    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  57.89 
 
 
432 aa  465  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  57.08 
 
 
431 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  57.28 
 
 
436 aa  454  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  55.9 
 
 
431 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  55.8 
 
 
445 aa  448  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  55.8 
 
 
445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  54.82 
 
 
453 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  55.88 
 
 
430 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  55.58 
 
 
435 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  55.37 
 
 
425 aa  429  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  56.66 
 
 
423 aa  429  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  56.76 
 
 
415 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  54.89 
 
 
425 aa  426  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  55.5 
 
 
428 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  54.76 
 
 
429 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  54.07 
 
 
436 aa  423  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  51.8 
 
 
449 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  50.61 
 
 
417 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  50.48 
 
 
423 aa  392  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  52.07 
 
 
417 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  52.07 
 
 
417 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  48.43 
 
 
418 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  50.49 
 
 
417 aa  363  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  49.74 
 
 
421 aa  348  7e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  47.93 
 
 
411 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 
408 aa  272  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  42.4 
 
 
410 aa  264  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.15 
 
 
425 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  42.09 
 
 
430 aa  256  7e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.98 
 
 
393 aa  255  1.0000000000000001e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.42 
 
 
399 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.99 
 
 
415 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 
424 aa  245  8e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  39.5 
 
 
426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  40.05 
 
 
430 aa  243  6e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  40.05 
 
 
420 aa  241  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.32 
 
 
412 aa  239  8e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  40.42 
 
 
402 aa  239  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  43.86 
 
 
355 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  37.11 
 
 
384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  37.61 
 
 
359 aa  236  6e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.04 
 
 
422 aa  236  8e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 
417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  40.18 
 
 
363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  35.12 
 
 
389 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  41.81 
 
 
466 aa  231  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 
408 aa  229  9e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.79 
 
 
406 aa  229  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  39.26 
 
 
415 aa  228  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  41.06 
 
 
481 aa  227  3e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 
419 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 
385 aa  225  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.33 
 
 
378 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.33 
 
 
378 aa  224  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  39.23 
 
 
385 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  37.83 
 
 
359 aa  223  6e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  39.73 
 
 
407 aa  222  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  40.26 
 
 
385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  35.58 
 
 
385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  37.77 
 
 
410 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  38.64 
 
 
358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  38.86 
 
 
419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 
386 aa  219  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  39.46 
 
 
399 aa  219  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 
408 aa  219  8.999999999999998e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  34.81 
 
 
397 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  39.71 
 
 
418 aa  219  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.41 
 
 
414 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  39.71 
 
 
418 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.33 
 
 
363 aa  217  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 
409 aa  216  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.47 
 
 
414 aa  216  5e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  38.36 
 
 
353 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  36.1 
 
 
395 aa  216  8e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  38.76 
 
 
369 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  38.44 
 
 
419 aa  215  9.999999999999999e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  36.92 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  39.09 
 
 
378 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  36.26 
 
 
360 aa  214  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  36.13 
 
 
356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  36.13 
 
 
356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  38.87 
 
 
374 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  35.96 
 
 
356 aa  213  5.999999999999999e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  38.86 
 
 
354 aa  213  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  37.17 
 
 
371 aa  213  7e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  39.09 
 
 
356 aa  212  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  41 
 
 
365 aa  212  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  35.66 
 
 
407 aa  211  1e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  36.72 
 
 
357 aa  212  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  39.64 
 
 
380 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  39.31 
 
 
418 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  35.57 
 
 
425 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  35.19 
 
 
413 aa  211  3e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>