More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1196 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  100 
 
 
238 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  88.41 
 
 
241 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  88.41 
 
 
241 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  92.41 
 
 
230 aa  411  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  89.04 
 
 
241 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 
240 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  88.5 
 
 
234 aa  404  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.11 
 
 
228 aa  364  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  78.22 
 
 
228 aa  361  4e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  76.23 
 
 
224 aa  356  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  74.34 
 
 
238 aa  351  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  74.45 
 
 
249 aa  348  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  75.56 
 
 
232 aa  348  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  74.78 
 
 
232 aa  348  5e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  74.11 
 
 
235 aa  347  9e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  74.11 
 
 
235 aa  347  9e-95  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  76 
 
 
231 aa  346  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  73.13 
 
 
255 aa  345  3e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.34 
 
 
232 aa  345  4e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  73.39 
 
 
248 aa  341  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.96 
 
 
248 aa  339  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  73.99 
 
 
227 aa  332  2e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  73.21 
 
 
233 aa  332  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  72.65 
 
 
228 aa  330  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  71.43 
 
 
225 aa  330  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  71.75 
 
 
252 aa  329  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  68.16 
 
 
223 aa  305  3e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  64.89 
 
 
227 aa  304  8.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  64.57 
 
 
226 aa  298  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  63.68 
 
 
227 aa  290  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.99 
 
 
226 aa  280  1e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  60.73 
 
 
223 aa  273  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.47 
 
 
226 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 
226 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 
225 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 
226 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  58.82 
 
 
230 aa  264  8e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 
228 aa  260  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 
225 aa  252  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  251  5.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.26 
 
 
225 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  54.22 
 
 
225 aa  250  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  53.78 
 
 
225 aa  249  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  54.91 
 
 
262 aa  249  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.42 
 
 
229 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  54.26 
 
 
225 aa  249  4e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.47 
 
 
227 aa  248  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  248  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  248  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 
225 aa  248  6e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
225 aa  248  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 
229 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  54.22 
 
 
225 aa  246  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  52.68 
 
 
226 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  50.22 
 
 
225 aa  241  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  52.51 
 
 
227 aa  241  9e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.58 
 
 
227 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 
224 aa  235  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 
224 aa  235  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 
224 aa  235  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3241  two-component transcriptional regulator  52.86 
 
 
224 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.582303  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3977  two component transcriptional regulator  52.86 
 
 
224 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  51.58 
 
 
227 aa  234  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.85 
 
 
227 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 
228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  232  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
224 aa  232  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3534  response regulator receiver protein  52.02 
 
 
225 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.868885  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  51.79 
 
 
224 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  50.9 
 
 
272 aa  230  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 
226 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
226 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
226 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.04 
 
 
258 aa  228  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
226 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 
277 aa  226  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3674  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 
263 aa  226  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.400914  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
224 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
224 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  50.91 
 
 
224 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
227 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  47.3 
 
 
230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 
232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 
224 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0850  two component response regulator  48.65 
 
 
225 aa  218  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709175  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 
225 aa  218  6e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  45.98 
 
 
223 aa  218  7.999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 
240 aa  216  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  45.81 
 
 
225 aa  216  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 
227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.7 
 
 
227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.7 
 
 
227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.7 
 
 
227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.42 
 
 
225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>