More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0100 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0009  transcription termination factor Rho  80.52 
 
 
421 aa  717  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  1.7892e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1563  transcription termination factor Rho  85.71 
 
 
506 aa  744  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.657404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0292  transcription termination factor Rho  98.1 
 
 
421 aa  840  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5019  transcription termination factor Rho  77.43 
 
 
473 aa  686  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000339489  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0198  transcription termination factor Rho  78.61 
 
 
402 aa  661  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2835  transcription termination factor Rho  77.94 
 
 
418 aa  676  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.182498 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0120  transcription termination factor Rho  76.5 
 
 
418 aa  669  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.342043  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  97.15 
 
 
421 aa  836  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4288  transcription termination factor Rho  85.75 
 
 
428 aa  748  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0673197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1377  transcription termination factor Rho  86.7 
 
 
436 aa  753  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0362049  normal  0.0185592 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3567  transcription termination factor Rho  87.44 
 
 
422 aa  755  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235782  normal  0.891828 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  78.23 
 
 
418 aa  701  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1678  transcription termination factor Rho  85.48 
 
 
447 aa  744  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0702428  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  96.91 
 
 
421 aa  836  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  98.57 
 
 
421 aa  844  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  97.39 
 
 
421 aa  839  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3453  transcription termination factor Rho  78.23 
 
 
423 aa  683  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2863  transcription termination factor Rho  78.33 
 
 
423 aa  686  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.799607  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2892  transcription termination factor Rho  78.47 
 
 
422 aa  687  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2668  transcription termination factor Rho  78.23 
 
 
422 aa  685  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.169241  normal  0.40239 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0002  transcription termination factor Rho  78.47 
 
 
434 aa  684  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00303251  normal  0.950818 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1226  transcription termination factor Rho  75.24 
 
 
424 aa  667  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  74.1 
 
 
421 aa  641  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  97.15 
 
 
421 aa  830  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1984  transcription termination factor Rho  84.45 
 
 
418 aa  731  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2970  transcription termination factor Rho  80.76 
 
 
436 aa  711  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  84.56 
 
 
421 aa  736  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  84.32 
 
 
421 aa  737  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  83.77 
 
 
422 aa  736  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  86.97 
 
 
422 aa  754  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3474  transcription termination factor Rho  82.9 
 
 
429 aa  734  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2845  transcription termination factor Rho  76.98 
 
 
418 aa  674  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal  0.0341841 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1231  transcription termination factor Rho  78.47 
 
 
422 aa  687  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.287939  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3932  transcription termination factor Rho  84.32 
 
 
421 aa  738  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.713144  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  100 
 
 
421 aa  853  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1968  transcription termination factor Rho  74.71 
 
 
435 aa  673  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4391  transcription termination factor Rho  84.09 
 
 
421 aa  736  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2532  transcription termination factor Rho  88.63 
 
 
422 aa  762  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1842  transcription termination factor Rho  85.71 
 
 
447 aa  746  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205012  normal  0.660399 
 
 
-
 
NC_004310  BR2064  transcription termination factor Rho  84.32 
 
 
421 aa  737  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244754  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1001  transcription termination factor Rho  86.7 
 
 
436 aa  754  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4258  transcription termination factor Rho  84.09 
 
 
421 aa  739  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.884099 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  70.74 
 
 
418 aa  623  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  72.6 
 
 
418 aa  623  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  70.74 
 
 
418 aa  623  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  71.39 
 
 
418 aa  619  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  70.91 
 
 
418 aa  619  1e-176  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
421 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  72.18 
 
 
415 aa  617  1e-175  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 
418 aa  611  1e-174  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  3.92995e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  611  1e-174  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  69.47 
 
 
418 aa  611  1e-174  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.72927e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  614  1e-174  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  70.98 
 
 
415 aa  612  1e-174  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.15458e-14  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  7.94569e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  612  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  612  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  612  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  612  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  71.46 
 
 
415 aa  613  1e-174  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  612  1e-174  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  613  1e-174  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  610  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  70.98 
 
 
415 aa  610  1e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  1.11099e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  69.71 
 
 
419 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
450 aa  610  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  69.71 
 
 
419 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  3.24277e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  71.22 
 
 
415 aa  610  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.95561e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
450 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  70.67 
 
 
419 aa  609  1e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  69.95 
 
 
419 aa  609  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.08874e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2863  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
420 aa  604  1e-172  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0188  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  605  1e-172  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  70.19 
 
 
419 aa  605  1e-172  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3002  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
420 aa  604  1e-172  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  607  1e-172  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  604  1e-172  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  70.02 
 
 
415 aa  607  1e-172  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  607  1e-172  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  70.02 
 
 
415 aa  607  1e-172  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  1.84202e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  69.14 
 
 
415 aa  605  1e-172  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  5.48676e-08  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  607  1e-172  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2290  transcription termination factor Rho  70.43 
 
 
419 aa  605  1e-172  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  7.67102e-07  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  69.38 
 
 
415 aa  605  1e-172  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  2.84119e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  607  1e-172  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  69.62 
 
 
415 aa  605  1e-172  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  8.58809e-11  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  69.23 
 
 
419 aa  605  1e-172  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0148  transcription termination factor Rho  68.75 
 
 
419 aa  604  1e-171  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00136527  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002098  transcription termination factor Rho  69.95 
 
 
419 aa  604  1e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000734863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>