More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0098 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 456 aa  891    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  80.96 
 
 		 457 aa  689    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  65.35 
 
 		 445 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  62.55 
 
 		 449 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  62.58 
 
 		 441 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  62.69 
 
 		 460 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  59.33 
 
 		 462 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  51 
 
 		 431 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  48.02 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  47.8 
 
 		 442 aa  382  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  50.33 
 
 		 448 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  47.8 
 
 		 442 aa  380  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  48.23 
 
 		 451 aa  368  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  45.01 
 
 		 436 aa  350  2e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 440 aa  344  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 438 aa  337  1.9999999999999998e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  44.91 
 
 		 437 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  48.68 
 
 		 444 aa  336  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  45.83 
 
 		 438 aa  335  1e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  47.79 
 
 		 441 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  45.73 
 
 		 429 aa  328  8e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  46.3 
 
 		 428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  46.29 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  47.93 
 
 		 444 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  48.25 
 
 		 444 aa  326  6e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  46.41 
 
 		 434 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  44.27 
 
 		 428 aa  324  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  48.37 
 
 		 447 aa  323  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  44.67 
 
 		 437 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  46.72 
 
 		 437 aa  315  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  46.15 
 
 		 455 aa  311  1e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  43.98 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  44.35 
 
 		 428 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  44.95 
 
 		 435 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  40.75 
 
 		 435 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 439 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  42.06 
 
 		 437 aa  289  7e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  41.53 
 
 		 489 aa  288  1e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 441 aa  287  4e-76  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  44.69 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  43.71 
 
 		 433 aa  270  4e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  41.47 
 
 		 446 aa  266  8e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  38.8 
 
 		 452 aa  265  8.999999999999999e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 473 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 452 aa  265  1e-69  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  44.42 
 
 		 419 aa  261  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  39.23 
 
 		 455 aa  260  4e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  47.23 
 
 		 508 aa  259  6e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  37.1 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 456 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 		 458 aa  257  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 460 aa  257  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 453 aa  256  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 457 aa  256  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  37.68 
 
 		 456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1231  tRNA modification GTPase TrmE  42.05 
 
 		 469 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.0000000119996  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 456 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  36.09 
 
 		 454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  36.09 
 
 		 454 aa  252  9.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 456 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 		 472 aa  252  1e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  35.05 
 
 		 453 aa  252  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 479 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 456 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 456 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 453 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.59 
 
 		 455 aa  251  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 453 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 473 aa  250  3e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  38.28 
 
 		 454 aa  251  3e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 453 aa  250  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.27 
 
 		 453 aa  250  4e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 426 aa  250  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 455 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  38.03 
 
 		 448 aa  249  5e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.67 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 453 aa  249  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.44 
 
 		 452 aa  249  9e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.02 
 
 		 453 aa  249  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  36.09 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 455 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 459 aa  248  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.05 
 
 		 456 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  36.52 
 
 		 454 aa  248  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  35.34 
 
 		 455 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  35.87 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 466 aa  247  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  35.43 
 
 		 478 aa  246  6.999999999999999e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.09 
 
 		 464 aa  246  8e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  34.32 
 
 		 457 aa  246  9e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  35.9 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 449 aa  245  9.999999999999999e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  44.98 
 
 		 440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>