More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0096 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 
277 aa  566  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  83.62 
 
 
260 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  68.35 
 
 
233 aa  303  2e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  70.19 
 
 
237 aa  298  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  68.54 
 
 
234 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  71.86 
 
 
222 aa  289  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  66.97 
 
 
223 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  48.94 
 
 
245 aa  169  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  48.22 
 
 
211 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  47.72 
 
 
211 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  49.24 
 
 
211 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  47.72 
 
 
211 aa  165  6e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  46.38 
 
 
212 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  45.63 
 
 
212 aa  162  5e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  43.72 
 
 
226 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  45.77 
 
 
213 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  44.39 
 
 
210 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  50 
 
 
221 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  45.41 
 
 
213 aa  151  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  45.41 
 
 
213 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  40 
 
 
221 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  42.13 
 
 
211 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  43.43 
 
 
205 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  49.09 
 
 
219 aa  141  9e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  43.43 
 
 
205 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  40.8 
 
 
213 aa  138  9e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  38.27 
 
 
215 aa  135  1e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  42.42 
 
 
201 aa  134  2e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  40.41 
 
 
193 aa  125  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  41.21 
 
 
207 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  41.53 
 
 
208 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  36.73 
 
 
205 aa  120  2e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  39.49 
 
 
209 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  39.58 
 
 
211 aa  119  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  39.79 
 
 
195 aa  117  2e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  38.42 
 
 
206 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  37.89 
 
 
206 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  33.15 
 
 
239 aa  92.4  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  40.3 
 
 
217 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  31.03 
 
 
217 aa  89.4  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  36.51 
 
 
236 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  35.29 
 
 
209 aa  85.5  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  34.01 
 
 
233 aa  83.6  3e-15  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  36.67 
 
 
237 aa  82.4  7e-15  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  33.51 
 
 
223 aa  82  1e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  30.9 
 
 
219 aa  82  1e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  33.75 
 
 
210 aa  80.9  2e-14  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  32.46 
 
 
245 aa  80.9  2e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4695  methyltransferase GidB  38.12 
 
 
250 aa  80.1  3e-14  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0675107  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  30.69 
 
 
254 aa  80.5  3e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  34.78 
 
 
255 aa  77.8  2e-13  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  31.91 
 
 
230 aa  77.8  2e-13  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  32.24 
 
 
210 aa  77  3e-13  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  31.75 
 
 
238 aa  77  3e-13  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  2.60442e-08 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  37.74 
 
 
222 aa  76.6  4e-13  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  27.96 
 
 
214 aa  76.6  4e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  28.49 
 
 
214 aa  76.6  4e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  27.85 
 
 
231 aa  75.9  7e-13  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  28.85 
 
 
238 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  28.42 
 
 
238 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  29.57 
 
 
226 aa  73.9  3e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  31.02 
 
 
239 aa  73.6  4e-12  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  35.19 
 
 
219 aa  72.8  5e-12  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  31.78 
 
 
240 aa  72.8  5e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4588  16S rRNA methyltransferase GidB  33.52 
 
 
242 aa  72.8  5e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.188204  hitchhiker  0.000465387 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  30.16 
 
 
218 aa  72.4  9e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2147  methyltransferase GidB  34.04 
 
 
241 aa  72  1e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4220  methyltransferase GidB  34.19 
 
 
212 aa  72  1e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.113234  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  33.71 
 
 
218 aa  71.2  2e-11  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.64563e-06 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  26.95 
 
 
240 aa  70.9  2e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39750  glucose-inhibited division protein B  33.99 
 
 
225 aa  70.9  2e-11  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.201257  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  36.08 
 
 
262 aa  70.9  2e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3140  methyltransferase GidB  31.74 
 
 
217 aa  70.9  2e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0154  methyltransferase GidB  30.41 
 
 
229 aa  71.2  2e-11  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0574713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  29.07 
 
 
240 aa  70.1  4e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23430  16S rRNA methyltransferase GidB  28.19 
 
 
241 aa  70.1  4e-11  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  29.7 
 
 
236 aa  70.1  4e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  31.62 
 
 
214 aa  69.7  4e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  34.36 
 
 
208 aa  69.7  5e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  29.88 
 
 
204 aa  69.7  5e-11  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  32.12 
 
 
210 aa  69.7  5e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  29.88 
 
 
204 aa  69.3  6e-11  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  28.4 
 
 
210 aa  69.3  6e-11  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1035  16S rRNA methyltransferase GidB  30.77 
 
 
238 aa  68.9  7e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.943257  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  26.63 
 
 
237 aa  68.9  8e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5106  16S rRNA methyltransferase GidB  36.42 
 
 
242 aa  68.9  9e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  2.03893e-08 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  29.71 
 
 
239 aa  68.6  1e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  30.12 
 
 
239 aa  68.2  1e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0112  cell division SAM-dependent methyltransferase  27.62 
 
 
242 aa  68.2  1e-10  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5944  methyltransferase GidB  42.19 
 
 
245 aa  68.2  1e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 
234 aa  68.6  1e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  29.71 
 
 
239 aa  68.6  1e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1015  methyltransferase GidB  29.05 
 
 
188 aa  68.6  1e-10  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0089498  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  33.54 
 
 
212 aa  68.6  1e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  26.2 
 
 
216 aa  68.6  1e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  30.93 
 
 
212 aa  68.6  1e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  29.52 
 
 
239 aa  68.6  1e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23540  methyltransferase GidB  31.74 
 
 
240 aa  68.2  2e-10  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  31.01 
 
 
227 aa  68.2  2e-10  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3932  16S rRNA methyltransferase GidB  30.18 
 
 
216 aa  67.8  2e-10  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.65398e-14 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>