77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0093 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 
342 aa  672  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  85.38 
 
 
342 aa  558  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  72.22 
 
 
342 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  70.76 
 
 
342 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  71.93 
 
 
342 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  69.79 
 
 
342 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  68.42 
 
 
343 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  45.8 
 
 
342 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  44.12 
 
 
342 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  45.09 
 
 
343 aa  258  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  43.66 
 
 
340 aa  254  2e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  44.48 
 
 
343 aa  254  2e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  44.19 
 
 
343 aa  251  9e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  43.57 
 
 
338 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  45.65 
 
 
345 aa  246  5e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  46.09 
 
 
342 aa  244  1e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  39.26 
 
 
347 aa  226  5e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  38.68 
 
 
388 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  37.46 
 
 
347 aa  221  2e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  36.73 
 
 
345 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  36.63 
 
 
347 aa  207  3e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  35.16 
 
 
343 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  33.72 
 
 
346 aa  184  2e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 
346 aa  182  8e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  34.01 
 
 
347 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 
342 aa  163  4e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  34.33 
 
 
350 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 
337 aa  142  8e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  36.39 
 
 
347 aa  141  1e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  31.94 
 
 
334 aa  116  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.32 
 
 
350 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  31.91 
 
 
341 aa  92.4  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  1.00325e-10 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  21.97 
 
 
334 aa  92.4  9e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  26.93 
 
 
342 aa  89.4  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  31.58 
 
 
342 aa  78.6  1e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  19.62 
 
 
334 aa  78.2  2e-13  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  31 
 
 
340 aa  75.9  1e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  25.32 
 
 
340 aa  72  1e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  28.03 
 
 
330 aa  71.6  2e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  20.55 
 
 
330 aa  69.7  6e-11  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  27.71 
 
 
330 aa  68.9  1e-10  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  27.55 
 
 
346 aa  67.8  2e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  29.34 
 
 
330 aa  67.4  4e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  3.7205e-06 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  28.84 
 
 
343 aa  62  1e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  22.84 
 
 
345 aa  60.5  4e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  22.39 
 
 
331 aa  58.2  2e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.19361e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  28.1 
 
 
336 aa  57.4  4e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  23.1 
 
 
351 aa  55.8  9e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
345 aa  55.8  1e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  22.98 
 
 
345 aa  55.8  1e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  22.26 
 
 
330 aa  55.8  1e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  25.93 
 
 
335 aa  55.8  1e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  23.68 
 
 
329 aa  54.7  2e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  26.02 
 
 
329 aa  53.5  5e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  25.66 
 
 
343 aa  51.2  3e-05  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0072  DNA polymerase III subunit delta  29.06 
 
 
321 aa  50.8  3e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  23.73 
 
 
334 aa  50.8  3e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  26.8 
 
 
336 aa  50.4  5e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  27.18 
 
 
336 aa  50.1  6e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  9.29908e-11 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  27.18 
 
 
336 aa  50.1  6e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  27.18 
 
 
336 aa  50.1  6e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.85392e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  21.86 
 
 
343 aa  50.1  6e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 
336 aa  49.7  7e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 
336 aa  49.7  8e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 
336 aa  49.7  8e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 
336 aa  49.7  8e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.69985e-12 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  22.47 
 
 
340 aa  49.7  8e-05  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 
336 aa  49.7  8e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  22.36 
 
 
351 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  21.77 
 
 
354 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  25.66 
 
 
331 aa  47.8  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0083  DNA polymerase III subunit delta  22.01 
 
 
319 aa  45.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  25.63 
 
 
338 aa  43.9  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  24.32 
 
 
333 aa  43.5  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  26.82 
 
 
330 aa  43.1  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  21.63 
 
 
337 aa  43.1  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00831  DNA polymerase III subunit delta  25.81 
 
 
336 aa  43.1  0.008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0698432 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>