More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0089 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  100 
 
 
224 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  85.78 
 
 
225 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  79.34 
 
 
228 aa  350  7e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  77.57 
 
 
219 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  76.5 
 
 
221 aa  345  4e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  75.23 
 
 
221 aa  340  9e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  72.95 
 
 
219 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  69.77 
 
 
232 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  63.51 
 
 
225 aa  284  8e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  64.45 
 
 
227 aa  283  2e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  60.81 
 
 
244 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  63.77 
 
 
227 aa  278  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  59.91 
 
 
247 aa  275  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  59.01 
 
 
247 aa  272  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  61.11 
 
 
226 aa  270  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  61.11 
 
 
226 aa  268  5e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  63.85 
 
 
230 aa  268  6e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  60.56 
 
 
219 aa  267  9e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  58.04 
 
 
250 aa  267  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  61.5 
 
 
219 aa  266  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  61.11 
 
 
250 aa  266  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  61.03 
 
 
219 aa  265  3e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  61.5 
 
 
230 aa  265  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  61.03 
 
 
219 aa  261  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  64.06 
 
 
230 aa  261  7e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  57.41 
 
 
242 aa  255  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 
220 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 
221 aa  234  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  55.14 
 
 
218 aa  231  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  2.21923e-06 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  46.43 
 
 
226 aa  231  5e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  56.86 
 
 
217 aa  229  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  62.5 
 
 
214 aa  227  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  54.46 
 
 
218 aa  227  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  59.28 
 
 
221 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  59.28 
 
 
221 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  56.07 
 
 
217 aa  224  8e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  52.56 
 
 
226 aa  224  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  54.59 
 
 
225 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  57.28 
 
 
220 aa  220  1e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  57.29 
 
 
191 aa  214  9e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  57.29 
 
 
248 aa  211  5e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  40.09 
 
 
225 aa  202  3e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  53.71 
 
 
229 aa  201  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  42.92 
 
 
219 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  44.79 
 
 
223 aa  155  5e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  44.79 
 
 
227 aa  153  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 
213 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  37.89 
 
 
235 aa  147  1e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  40.99 
 
 
231 aa  146  2e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  41.3 
 
 
244 aa  146  2e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  41.15 
 
 
227 aa  144  8e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  38.18 
 
 
230 aa  144  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  9.00984e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  42.73 
 
 
238 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1062  hypothetical protein  40.5 
 
 
216 aa  141  9e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  45.31 
 
 
223 aa  140  2e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  37.44 
 
 
243 aa  140  2e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  41.56 
 
 
230 aa  140  2e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  39.01 
 
 
231 aa  139  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  41.07 
 
 
228 aa  138  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  41.63 
 
 
237 aa  138  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.28212e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  39.57 
 
 
241 aa  138  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  39.91 
 
 
230 aa  136  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  39.73 
 
 
234 aa  136  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  41.05 
 
 
228 aa  136  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  41.33 
 
 
232 aa  135  3e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  42.79 
 
 
228 aa  136  3e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1414  alanine racemase domain-containing protein  39.42 
 
 
234 aa  135  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.08104e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  37.33 
 
 
231 aa  135  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  37.12 
 
 
233 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  44.84 
 
 
232 aa  135  6e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  38.5 
 
 
234 aa  134  9e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  38.57 
 
 
225 aa  134  1e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  3.58691e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  39.92 
 
 
239 aa  134  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  40.27 
 
 
232 aa  134  1e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0939  alanine racemase domain protein  37.27 
 
 
229 aa  133  2e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  37.77 
 
 
233 aa  133  2e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  44.12 
 
 
232 aa  133  2e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  38.77 
 
 
229 aa  133  2e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1702  alanine racemase domain-containing protein  40.19 
 
 
214 aa  133  2e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  44.61 
 
 
268 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  44.35 
 
 
238 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1411  alanine racemase domain-containing protein  39.82 
 
 
249 aa  132  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0606808 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  44.39 
 
 
232 aa  132  4e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  37.84 
 
 
226 aa  132  4e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  43.95 
 
 
257 aa  132  4e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  44.39 
 
 
239 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  44.39 
 
 
239 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  40.2 
 
 
231 aa  131  7e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  35.59 
 
 
224 aa  131  8e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  39.38 
 
 
232 aa  130  1e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  36.17 
 
 
233 aa  130  2e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  4.74178e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  39.21 
 
 
236 aa  130  2e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2263  alanine racemase domain protein  39.25 
 
 
212 aa  130  2e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0372  alanine racemase domain protein  40.54 
 
 
237 aa  129  2e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  35.19 
 
 
244 aa  129  4e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4047  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 
233 aa  129  4e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0138922  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1014  hypothetical protein  39.46 
 
 
244 aa  129  5e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0169209 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  43.83 
 
 
238 aa  129  5e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2060  hypothetical protein  43.35 
 
 
221 aa  128  6e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.746586  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0984  alanine racemase domain protein  36.75 
 
 
271 aa  127  1e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>