187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0086 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0086  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
160 aa  318  2e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.929528  normal  0.0740226 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0093  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  91.22 
 
 
149 aa  263  8e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.132878  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0380  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  60.81 
 
 
148 aa  176  9e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0285  cyclic nucleotide-binding protein  59.73 
 
 
149 aa  172  2e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.512507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0441  cyclic nucleotide-binding  58.11 
 
 
148 aa  171  3e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0279  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  59.73 
 
 
149 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.294504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0178  cyclic nucleotide-binding protein  58.57 
 
 
138 aa  146  1e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220978  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1772  cyclic nucleotide-binding protein  42.66 
 
 
161 aa  100  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0691544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4104  cyclic nucleotide-binding protein  40 
 
 
163 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.374225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4089  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.86 
 
 
151 aa  91.3  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998394  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3764  cyclic nucleotide-binding protein  35.51 
 
 
151 aa  90.9  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3055  cyclic nucleotide-binding protein  42.62 
 
 
151 aa  86.3  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517471  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1854  cyclic nucleotide-binding protein  37.04 
 
 
155 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.795804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1016  cyclic nucleotide-binding protein  40.34 
 
 
149 aa  83.6  1e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1575  cyclic nucleotide-binding  37.4 
 
 
155 aa  83.6  1e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.6817  normal  0.0500798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0331  cyclic nucleotide-binding protein  40.5 
 
 
150 aa  81.3  6e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0211845 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4229  hypothetical protein  41.46 
 
 
151 aa  80.9  8e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000114025  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1398  cyclic nucleotide-binding protein  38.17 
 
 
168 aa  79  2e-14  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.144588  normal  0.108065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  36.55 
 
 
147 aa  76.3  1e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  31.29 
 
 
155 aa  75.5  3e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.29 
 
 
155 aa  74.7  4e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3425  cyclic nucleotide-binding protein  31.54 
 
 
151 aa  74.7  5e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0964  cyclic nucleotide-binding protein  34.21 
 
 
152 aa  74.3  7e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1664  cyclic nucleotide-binding protein  36.22 
 
 
159 aa  73.9  8e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.617914 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  72.4  2e-12  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
153 aa  72  3e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.28 
 
 
154 aa  72  3e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0230  cyclic nucleotide-binding protein  32.88 
 
 
150 aa  72.4  3e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253117  normal  0.331569 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  28.86 
 
 
154 aa  70.1  1e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
148 aa  69.3  2e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  30.94 
 
 
149 aa  68.2  4e-11  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  30.99 
 
 
151 aa  67.8  6e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  28.77 
 
 
194 aa  66.2  2e-10  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  29.5 
 
 
149 aa  66.2  2e-10  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  30.94 
 
 
147 aa  64.7  4e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
238 aa  60.5  8e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
231 aa  60.8  8e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1291  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
164 aa  60.8  8e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.234039  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.17 
 
 
154 aa  60.5  9e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  34.92 
 
 
435 aa  59.7  1e-08  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
228 aa  60.5  1e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1111  cyclic nucleotide-binding  31.85 
 
 
729 aa  57.8  7e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.804267  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  31.85 
 
 
225 aa  56.6  1e-07  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.3 
 
 
219 aa  56.2  2e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.09 
 
 
230 aa  55.5  3e-07  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  34.19 
 
 
1065 aa  54.3  6e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0998  cyclic nucleotide-binding protein  34.34 
 
 
265 aa  54.7  6e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  2.22196e-09  unclonable  1.02776e-18 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  31.58 
 
 
266 aa  54.3  8e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.66 
 
 
231 aa  53.5  1e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
226 aa  52.8  2e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 
570 aa  52.8  2e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 
251 aa  52.4  3e-06  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 
251 aa  52.4  3e-06  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  30.08 
 
 
251 aa  52.4  3e-06  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  30.08 
 
 
251 aa  52.4  3e-06  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  31.39 
 
 
226 aa  52  3e-06  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.89 
 
 
222 aa  52  3e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.54449e-08  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  30.08 
 
 
251 aa  52.4  3e-06  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0491  cyclic nucleotide-binding protein  31.82 
 
 
410 aa  51.6  5e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0215963  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
225 aa  51.6  5e-06  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4030  cyclic nucleotide-binding protein  25.69 
 
 
173 aa  51.2  6e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.900362 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
225 aa  50.8  7e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.43 
 
 
224 aa  50.4  9e-06  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.14 
 
 
563 aa  50.4  9e-06  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
248 aa  50.1  1e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.17 
 
 
503 aa  50.4  1e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4730  cyclic nucleotide-binding protein  26.52 
 
 
286 aa  50.1  1e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.813554  normal  0.722063 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02481  Lysophospholipase nte1 (EC 3.1.1.5)(Neuropathy target esterase homolog)(Intracellular phospholipase B) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BAE9]  30.63 
 
 
1408 aa  49.3  2e-05  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0963788  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
257 aa  49.3  2e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  27.48 
 
 
449 aa  49.7  2e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.77 
 
 
229 aa  48.9  3e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 
225 aa  48.5  3e-05  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.26 
 
 
236 aa  48.9  3e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.26 
 
 
225 aa  48.9  3e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.47 
 
 
225 aa  48.5  4e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.47 
 
 
225 aa  48.5  4e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.52 
 
 
234 aa  48.5  4e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.25 
 
 
228 aa  47.8  6e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
254 aa  47.8  7e-05  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  28.17 
 
 
254 aa  47.8  7e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.85 
 
 
226 aa  47.8  7e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4796  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  34.95 
 
 
263 aa  47.8  7e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.70555e-12  unclonable  2.16721e-05 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
235 aa  47.4  7e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
235 aa  47.8  7e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
226 aa  47.4  7e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
235 aa  47.4  7e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  32.69 
 
 
621 aa  47.4  8e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.7 
 
 
129 aa  47.4  8e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0366  putative sulfate transporter  30.28 
 
 
727 aa  47.4  9e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.972082  normal  0.273026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4909  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
221 aa  47.4  9e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385812  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
229 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  33.05 
 
 
165 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.61 
 
 
225 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
224 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04180  hydrolase, putative  29.09 
 
 
1588 aa  46.2  0.0002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
232 aa  46.2  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  30.39 
 
 
275 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  24.59 
 
 
214 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.68 
 
 
225 aa  46.2  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
248 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>