More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0069 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
171 aa  349  1e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  97.08 
 
 
171 aa  342  1e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  88.62 
 
 
200 aa  313  1e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  88.24 
 
 
192 aa  308  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0065  translation initiation factor IF-3  90.97 
 
 
145 aa  269  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0168  translation initiation factor IF-3  91.67 
 
 
132 aa  249  9e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  68.02 
 
 
174 aa  248  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0341  initiation factor 3  90.15 
 
 
132 aa  248  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  69.41 
 
 
178 aa  239  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
219 aa  238  3e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  65.32 
 
 
173 aa  237  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  67.66 
 
 
178 aa  236  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
176 aa  236  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  64.12 
 
 
192 aa  236  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  65.87 
 
 
175 aa  236  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  68.26 
 
 
204 aa  234  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  65.29 
 
 
173 aa  234  5e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
173 aa  231  5e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
176 aa  230  8e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  64.74 
 
 
173 aa  230  8e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  62.94 
 
 
173 aa  228  3e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  62.43 
 
 
173 aa  228  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  66.89 
 
 
151 aa  213  1e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1196  translation initiation factor IF-3  67.65 
 
 
173 aa  210  9e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.501518  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  57.31 
 
 
169 aa  206  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  57.56 
 
 
194 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  57.56 
 
 
194 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  61.18 
 
 
173 aa  206  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  58.43 
 
 
190 aa  204  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  55.29 
 
 
173 aa  204  5e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  56.4 
 
 
194 aa  204  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  73.48 
 
 
134 aa  202  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  73.48 
 
 
134 aa  202  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
202 aa  201  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  73.48 
 
 
132 aa  200  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  56.47 
 
 
173 aa  198  2e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  56.89 
 
 
173 aa  198  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 
173 aa  197  4e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  54.22 
 
 
178 aa  195  2e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  54.22 
 
 
178 aa  195  3e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
178 aa  192  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 
173 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0123  translation initiation factor 3  61.18 
 
 
201 aa  185  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.228507  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
182 aa  184  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1768  translation initiation factor IF-3  53.85 
 
 
221 aa  183  1e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.40976 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0412  translation initiation factor IF-3  57.75 
 
 
144 aa  183  1e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.601649  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  57.04 
 
 
154 aa  181  4e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
180 aa  179  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 
169 aa  179  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  57.89 
 
 
137 aa  178  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  61.07 
 
 
137 aa  178  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
198 aa  177  5e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  52.29 
 
 
177 aa  177  6e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  52.94 
 
 
184 aa  177  9e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
183 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
177 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
183 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
183 aa  176  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  51.63 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  175  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  174  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  174  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  47.53 
 
 
173 aa  174  4e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  48.82 
 
 
182 aa  174  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.97976e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
174 aa  174  5e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  174  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
238 aa  174  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  173  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  50.98 
 
 
156 aa  173  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  173  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  173  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
172 aa  173  1e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
165 aa  173  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  52.8 
 
 
166 aa  173  1e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  4.66118e-05  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  51.63 
 
 
156 aa  172  2e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  51.23 
 
 
196 aa  172  2e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  52.82 
 
 
156 aa  171  3e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
227 aa  171  3e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  54.9 
 
 
155 aa  171  3e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  50.98 
 
 
156 aa  171  4e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  50.33 
 
 
173 aa  171  4e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  46.75 
 
 
219 aa  171  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1009  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
169 aa  171  6e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  50.65 
 
 
159 aa  170  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
179 aa  170  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
180 aa  169  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  53.05 
 
 
180 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0913  translation initiation factor IF-3  55.9 
 
 
172 aa  169  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 
180 aa  169  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
252 aa  169  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  48.19 
 
 
225 aa  168  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  56.34 
 
 
153 aa  167  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  45.34 
 
 
202 aa  167  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  46.75 
 
 
187 aa  167  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>