More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0058 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  100 
 
 
101 aa  207  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  97.03 
 
 
101 aa  202  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  94 
 
 
103 aa  192  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  92.08 
 
 
101 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  90.1 
 
 
101 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  94.74 
 
 
104 aa  187  4e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  90.1 
 
 
101 aa  187  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  85.71 
 
 
96 aa  160  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  85.71 
 
 
97 aa  160  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  83.52 
 
 
110 aa  156  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  80.22 
 
 
94 aa  155  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  79.57 
 
 
94 aa  152  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  76.77 
 
 
106 aa  149  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 
94 aa  148  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 
94 aa  148  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  74.49 
 
 
99 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 
94 aa  148  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  74.49 
 
 
99 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 
103 aa  148  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  78.26 
 
 
102 aa  148  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  78.26 
 
 
102 aa  147  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 
103 aa  147  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  78.26 
 
 
102 aa  147  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  79.12 
 
 
106 aa  146  1e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  74.73 
 
 
95 aa  146  1e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  78.02 
 
 
103 aa  146  1e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  71 
 
 
101 aa  145  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  143  8e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  71.43 
 
 
100 aa  142  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
95 aa  140  4e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 
95 aa  139  2e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
93 aa  139  2e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
93 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
93 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  71.74 
 
 
92 aa  136  8e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
98 aa  134  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  65.93 
 
 
94 aa  128  2e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  66.67 
 
 
94 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  63.74 
 
 
113 aa  122  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  61.54 
 
 
92 aa  115  2e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  58.06 
 
 
93 aa  113  7e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  62.64 
 
 
92 aa  113  9e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  51.65 
 
 
101 aa  110  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  56.04 
 
 
102 aa  110  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  54.95 
 
 
95 aa  110  7e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  54.08 
 
 
98 aa  109  1e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  52.63 
 
 
96 aa  109  2e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 
95 aa  107  4e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  51.58 
 
 
113 aa  108  4e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  50.53 
 
 
95 aa  107  8e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  51.65 
 
 
108 aa  105  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 
91 aa  105  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  52.17 
 
 
94 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  51.06 
 
 
94 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  50.54 
 
 
98 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  50.54 
 
 
98 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 
114 aa  105  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
94 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
94 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.16436e-08  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  49.5 
 
 
112 aa  103  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  49.5 
 
 
101 aa  103  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  49.5 
 
 
101 aa  103  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  2.60989e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  50.54 
 
 
96 aa  103  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  8.04162e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 
98 aa  103  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 
100 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 
96 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  49.5 
 
 
137 aa  102  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 
94 aa  102  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  5.16669e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  53.26 
 
 
142 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  47.87 
 
 
98 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 
100 aa  102  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  47.87 
 
 
98 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 
95 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  53.26 
 
 
142 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 
95 aa  101  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 
95 aa  101  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  53.26 
 
 
138 aa  101  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 
93 aa  101  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 
92 aa  100  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  49.45 
 
 
93 aa  100  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.32268e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  53.26 
 
 
135 aa  100  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 
94 aa  100  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1307  histone family protein DNA-binding protein  52.75 
 
 
114 aa  100  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.226884  hitchhiker  6.48768e-07 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2222  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 
93 aa  100  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  1.09165e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6375  histone family protein DNA-binding protein  54.08 
 
 
108 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 
98 aa  100  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  48.35 
 
 
95 aa  100  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6405  histone family protein DNA-binding protein  54.08 
 
 
108 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  51.65 
 
 
98 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2245  putative integration host factor beta-subunit (ihf-beta) protein  49.5 
 
 
111 aa  98.6  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 
113 aa  99  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 
107 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2338  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 
94 aa  99.4  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 
107 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 
107 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 
107 aa  99  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 
107 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2004  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 
94 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.143906  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 
92 aa  98.2  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.78051e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 
107 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>