More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0029 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  100 
 
 
304 aa  597  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  92.31 
 
 
301 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 
300 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  70.26 
 
 
312 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  71.71 
 
 
312 aa  407  1e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  73.75 
 
 
312 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  45.9 
 
 
306 aa  254  1e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
298 aa  251  8e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 
309 aa  247  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 
307 aa  246  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  47.64 
 
 
304 aa  243  4e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 
317 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 
304 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 
299 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 
304 aa  235  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  43.34 
 
 
307 aa  233  4e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
298 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  45.94 
 
 
308 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
317 aa  223  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
320 aa  221  1e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 
309 aa  220  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
301 aa  219  4e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
298 aa  219  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.10908e-06 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 
314 aa  214  1e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  7.41656e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  3.32798e-06 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  214  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  42.9 
 
 
301 aa  214  2e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.86 
 
 
297 aa  213  3e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
320 aa  213  4e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
327 aa  212  5e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  41.22 
 
 
305 aa  212  6e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.4 
 
 
305 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.88 
 
 
305 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.54 
 
 
302 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 
302 aa  209  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 
302 aa  209  5e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.74 
 
 
305 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  42.11 
 
 
325 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
303 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.58 
 
 
304 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.21 
 
 
302 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
302 aa  206  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 
303 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
308 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 
305 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 
305 aa  206  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  40.2 
 
 
305 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
301 aa  206  5e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  43.46 
 
 
309 aa  205  9e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  44.3 
 
 
313 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  41.78 
 
 
317 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.09 
 
 
296 aa  203  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
313 aa  202  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.16 
 
 
302 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 
302 aa  202  7e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
317 aa  202  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
302 aa  201  1e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  36.42 
 
 
301 aa  200  2e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  3.80526e-05 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 
324 aa  201  2e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 
323 aa  201  2e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  35.22 
 
 
296 aa  200  2e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 
323 aa  199  4e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
302 aa  199  4e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
311 aa  198  9e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  42.91 
 
 
300 aa  197  2e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 
320 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  42.96 
 
 
311 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  1.80312e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
311 aa  196  4e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
311 aa  195  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
304 aa  195  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1077  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
301 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.134423  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
313 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
307 aa  193  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
321 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 
321 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
308 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
308 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 
319 aa  192  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
308 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
323 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  38.33 
 
 
299 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2381  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
308 aa  192  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128975  normal  0.338305 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
319 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 
321 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  36.74 
 
 
321 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.88 
 
 
307 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.07 
 
 
319 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.07 
 
 
319 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>