More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nther_0112 on replicon NC_010718
Organism: Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 327 aa  675    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  45.85 
 
 		 333 aa  301  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  47.94 
 
 		 347 aa  300  2e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  45.37 
 
 		 326 aa  286  4e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  45.37 
 
 		 326 aa  286  4e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.11 
 
 		 322 aa  286  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  42.63 
 
 		 318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.48 
 
 		 320 aa  281  1e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  44.2 
 
 		 322 aa  279  4e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  45.51 
 
 		 319 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.07 
 
 		 328 aa  268  8e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.51 
 
 		 343 aa  260  2e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 324 aa  259  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.04 
 
 		 321 aa  259  6e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.06 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  39.94 
 
 		 350 aa  248  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.19 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.19 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.77 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 		 357 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 		 328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 		 332 aa  242  7e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.07 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.91 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.12 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.32 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.44 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.49 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.6 
 
 		 353 aa  238  8e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  43.4 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.86 
 
 		 333 aa  236  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 		 357 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.3 
 
 		 355 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 		 355 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  35.08 
 
 		 353 aa  235  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.19 
 
 		 350 aa  235  9e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 		 321 aa  235  9e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.33 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  36.67 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.3 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  40.14 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.99 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.31 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.19 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37 
 
 		 355 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 337 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 		 354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 337 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.13 
 
 		 322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.83 
 
 		 326 aa  233  5e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.25 
 
 		 332 aa  232  6e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 337 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  35.58 
 
 		 356 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 		 322 aa  232  8.000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.62 
 
 		 332 aa  231  9e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.51 
 
 		 334 aa  231  9e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.79 
 
 		 317 aa  231  9e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.62 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  35.6 
 
 		 325 aa  230  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.14 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  37.19 
 
 		 337 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.68 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.28 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.31 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 		 327 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.65 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  229  5e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36 
 
 		 332 aa  229  5e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  38.62 
 
 		 338 aa  228  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  228  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.65 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.57 
 
 		 348 aa  227  2e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.78 
 
 		 351 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.84 
 
 		 347 aa  227  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.16 
 
 		 317 aa  227  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  35.58 
 
 		 348 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  37.66 
 
 		 335 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  38.02 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 		 354 aa  226  6e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 		 346 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.6 
 
 		 330 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>