More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nther_0067 on replicon NC_010718
Organism: Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  34.83 
 
 
1156 aa  636  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  33.98 
 
 
1160 aa  678  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 
1148 aa  690  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  33.19 
 
 
1164 aa  669  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  34.56 
 
 
1156 aa  671  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0912  transcription-repair coupling factor  33.99 
 
 
1181 aa  639  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 
1155 aa  660  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0039  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 
1193 aa  671  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  34.27 
 
 
1156 aa  667  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 
1157 aa  682  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 
1149 aa  707  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  34.76 
 
 
1148 aa  691  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 
1164 aa  690  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 
1148 aa  667  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  43.12 
 
 
1176 aa  966  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 
1143 aa  681  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04745  transcription-repair coupling factor  35.6 
 
 
1154 aa  667  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.982613  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  100 
 
 
1196 aa  2453  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  34.67 
 
 
1148 aa  692  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  34.4 
 
 
1151 aa  692  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  36.28 
 
 
1116 aa  652  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  3.46725e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  35 
 
 
1148 aa  687  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  4.32293e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  35 
 
 
1148 aa  687  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 
1157 aa  756  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4468  transcription-repair coupling factor  35.18 
 
 
1241 aa  665  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 
1165 aa  715  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  34.91 
 
 
1148 aa  685  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  35 
 
 
1148 aa  687  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  35 
 
 
1148 aa  687  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.47681e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 
1154 aa  719  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  38.29 
 
 
1194 aa  665  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 
1165 aa  767  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 
1141 aa  694  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  44.43 
 
 
1165 aa  976  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  45.07 
 
 
1176 aa  1013  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  38.31 
 
 
1246 aa  772  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 
1157 aa  695  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08480  transcription-repair coupling factor Mfd  34.62 
 
 
1155 aa  661  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.13697  normal  0.343175 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 
1148 aa  667  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.29728e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4478  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 
1229 aa  690  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.419935 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  45.92 
 
 
1176 aa  1030  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 
1162 aa  667  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.29473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 
1193 aa  714  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 
1148 aa  696  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  35.93 
 
 
1137 aa  681  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  43.05 
 
 
1168 aa  929  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  36.2 
 
 
1234 aa  717  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 
1265 aa  759  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 
1179 aa  870  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  34.12 
 
 
1153 aa  651  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 
1148 aa  690  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  34.58 
 
 
1148 aa  689  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 
1148 aa  667  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 
1157 aa  699  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 
1156 aa  669  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  33.39 
 
 
1164 aa  671  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  41.73 
 
 
1179 aa  908  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 
1165 aa  669  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09271  transcriptional-repair coupling factor  34.84 
 
 
1169 aa  696  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.254503  hitchhiker  2.30767e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 
1207 aa  748  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 
1218 aa  716  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 
1174 aa  671  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 
1188 aa  759  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 
1157 aa  682  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  35.2 
 
 
1176 aa  684  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 
1157 aa  672  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  43.05 
 
 
1168 aa  929  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  45.36 
 
 
1176 aa  1014  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  38.07 
 
 
1166 aa  738  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1560  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 
1195 aa  705  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.93701  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  34.8 
 
 
1159 aa  674  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  34.4 
 
 
1150 aa  682  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  46.59 
 
 
1177 aa  1013  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  40.62 
 
 
1123 aa  836  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4525  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 
1192 aa  699  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  44.39 
 
 
1197 aa  985  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  47.88 
 
 
1183 aa  1040  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1292  transcription-repair coupling factor  35.21 
 
 
1161 aa  657  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0124  transcription-repair coupling factor  35.66 
 
 
1147 aa  710  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00760781  normal  0.18165 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1935  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 
1216 aa  682  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.671489  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13430  transcription-repair coupling factor Mfd  35.97 
 
 
1211 aa  709  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0858576  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0967  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 
1170 aa  775  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.8826  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07020  transcription-repair coupling factor Mfd  36.31 
 
 
1244 aa  733  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0711584  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  45.2 
 
 
1112 aa  640  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1023  transcription-repair coupling factor  36.07 
 
 
1168 aa  740  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07780  transcription-repair coupling factor Mfd  35.53 
 
 
1212 aa  722  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.784778  normal  0.111573 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0064  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 
1201 aa  726  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862894  normal  0.0454923 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  38.73 
 
 
1164 aa  761  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3189  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 
1218 aa  705  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.905154  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0898  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 
1214 aa  700  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.165774  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0620  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 
1244 aa  726  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5808  transcription-repair coupling factor  46.35 
 
 
1351 aa  649  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.294236  normal  0.50078 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1195  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 
1157 aa  672  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.865219  normal  0.466133 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0915  transcription-repair coupling factor  34.77 
 
 
1179 aa  712  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0521422  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 
1112 aa  723  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  38.04 
 
 
1202 aa  694  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8585  transcription-repair coupling factor  38.06 
 
 
1204 aa  733  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  39.6 
 
 
1154 aa  789  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2685  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 
1218 aa  691  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 
1150 aa  785  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>