299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0055 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0055  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0055  tRNA-Asp  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509832  normal  0.38034 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0046  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06170  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.58434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0076  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0005  tRNA-Asp  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt018  tRNA-Asp  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00304559  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0747  tRNA-Asp  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0034  tRNA-Asp  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.848663  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25090  tRNA-Asp  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.657176  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0047  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.488675  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>