298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0025 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>