297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0014 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0049  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0228111 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0016  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.120577  normal  0.0590826 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0016  tRNA-Met  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.657071  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17540  tRNA-Met  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164886  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0041  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000202293  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21210  tRNA-Met  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0007  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0007  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21420  tRNA-Met  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000610932  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0015  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0008  tRNA-Met  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0009  tRNA-Ile  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.374214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0008  tRNA-Met  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0063  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0802008  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0053  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00143998  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0022  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0006  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0041  tRNA-Met  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0034  tRNA-Ile  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0033  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0776982  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0022  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00808191  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0055  tRNA-Met  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0007  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0037  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000950191  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0053  tRNA-Met  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0011  tRNA-Met  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0010  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.678705 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0053  tRNA-Met  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.796609 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0027  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.800046  normal  0.352894 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R23  tRNA-Ile  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.105438  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0051  tRNA-Met  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.575772  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>